Poza pracami organizacyjnymi, tworzeniem struktur partii, akcją wydawniczą i informacyjną PPN zabiegała o stworzenie porozumień z ugrupowaniami widzącymi podobnie cele polskiej polityki i odrzucające ugodę z komunistami. Tu za głównego partnera władze PPN uważały organizację "Solidarność Walczącą" Kornela Morawieckiego. W praktyce okazało się, że w terenie często dochodziło do sytuacji, gdy członkowie SW i PPN działali solidarnie w obu organizacjach. W grudniu 1988 r. PPN i SW zawarły porozumienie o współpracy. Jednak największym osiągnięciem PPN było stworzenie Porozumienia Partii i Organizacji Niepodległościowych (maj 1987 r.), które przez ponad dwa lata stanowiło forum współdziałania wszystkich ugrupowań niepodległościowych. Poza PPN były to: Organizacja Liberalnych Demokratów "Niepodległość", Ruch Polityczny "Wyzwolenie", Organizacja "Wolność-Sprawiedliwość-Niepodległość", Unia Demokratów "Baza" i Grupa Polityczna "Samostanowienie".
Zmiany zachodzące w Polsce powodowały korektę w działaniach organizacyjnych i politycznych PPN. Przewidywane przesilenie i obalenie komunizmu w wyniku protestu społecznego (strajki w 1988 r.) nie nastąpiło, bowiem liderzy "Solidarności" podjęli rozmowy z władzami i strajki wygasili. PPN proponował więc zjednoczenie ugrupowań niepodległościowych i wysunięcie alternatywnego programu politycznego odrzucając kompromis z PZPR. Temu miała służyć formuła PPiON. Zwolennicy rozmów "okrągłego stołu" usiłowali przekonać PPN i inne ugrupowania do tego rozwiązania. 10 października władze PPN odrzuciły ofertę "ugodowców", a 13 października podobnie postąpiły pozostałe ugrupowania PPiON i "Solidarność Walcząca".
W swojej publicystyce i akcjach o charakterze zewnętrznym PPN ostro krytykowała "okrągły stół" widząc w nim akt zdrady ideałów Sierpnia '80. Z tych samych powodów ogłosiła bojkot wyborów w 1989 r. ocenianych przez władze PPN jako swoista legitymizacja PRL przez niedawną opozycję.
Innym osiągnięciem PPN było zorganizowanie na terenie Austrii (maj 1989 r.) konferencji "Kraj - Emigracja". Brali w niej udział przedstawiciele ugrupowań tworzących PPiON, środowisk polonijnych z Europy, USA i Kanady oraz ministrowie rządu RP na uchodźstwie, w tym przyszły prezydent, a wówczas minister spraw krajowych, Ryszard Kaczorowski.
Ścisłą współpracę PPN nawiązała ze związkowymi opozycjonistami Lecha Wałęsy skupionymi w Grupie Roboczej Komisji Krajowej "Solidarności" (Andrzej Gwiazda, Marian Jurczyk, Andrzej Słowik, Seweryn Jaworski). Działacze PPN uczestniczyli w pracach Grupy (Szeremietiew był doradcą leszczyńskiego regionu NSZZ "S" i członkiem Grupy) i prowadzili działania na rzecz demokratycznego wyboru władz reaktywowanego związku "Solidarność". Szczególnie intensywną działalność prowadzono na terenie Trójmiasta wspólnie z Federacją Młodzieży Walczącej, która z czasem zaczęła występować jako organizacja młodzieżowa PPN, a jej działacze zaczęli obejmować ważne funkcje w PPN.
Sporo wysiłku PPN kierowała na tereny Białorusi i Litwy. Zdołano zorganizować przedstawicielstwa partii na terenie Grodna i Wilna. Jedno z posiedzeń Rady Naczelnej PPN odbyło się w Wilnie, w czasie obchodów 200-lecia uchwalenia Konstytucji 3 Maja.
Po utworzeniu rządu Jana Olszewskiego działacze PPN trafili do administracji państwowej (prezes PPN został wiceministrem, a następnie ministrem obrony narodowej). Po obaleniu rządu w czerwcu 1992 r. PPN zbliżyła się do środowiska politycznego byłego premiera i weszła w skład nowo powołanej przez Olszewskiego partii Ruch dla Rzeczypospolitej.