PPN była partią kadrową. Działając w konspiracji do 1989 r. formułę jawną przyjęła w końcu lutego 1990 r. Jej ówczesny stan był następujący: 729 członków (tylko osoby płacące składki) i współpracujących z PPN około 12 tys. - wg oceny władz partii. Organami naczelnymi PPN były Konwencja Krajowa będąca zjazdem delegatów i władzą najwyższą stronnictwa, w okresie między kongresami partią kierowała Rada Naczelna i jej prezydium. W skład prezydium wchodzili prezes PPN i przewodniczący rady R. Szeremietiew oraz członkowie prezydium: Ryszard Anders, Marian Banaś, Lech Jęczmyk, Andrzej Rozpłochowski (w USA), Tadeusz Stański. Sprawami organizacyjnymi zajmowała się Centralna Komisja Wykonawcza pod przewodnictwem T. Stańskiego. W skład CKW wchodzili przewodniczący okręgowych komisji wykonawczych: Jan Chmielewski (Mazowsze), M. Banaś (Małopolska), Krzysztof Frączek (Górny Śląsk), Zbigniew Kopystyński (Dolny Śląsk), Wojciech Kurpisz (Wielkopolska), Jarosław Kaczorowski (Pomorze Zachodnie), Andrzej Cybulski (Pomorze Gdańskie), Bogusław Owoc (Mazury i Warmia) i Jarosław Zdrojkowski (Lubelskie). W terenie funkcjonowało więc 9 okręgów oraz 32 rejony działania, zwykle na terenie większych miast, np. Leszno Wlkp. Poza granicami Polski działały przedstawicielstwa zagraniczne PPN. W Europie Zachodniej, w Austrii (Marek Stefan Szmidt), w Szwajcarii (Maria i Jerzy Grębscy), w Berlinie Zachodnim (Kazimierz Michalczyk) i na terenie Anglii - współpraca z organizacją "Solidarity with Solidarity" Tadeusza Jarskiego. W USA przedstawicielami PPN była Jadwiga Czuba z Chicago i Ryszard Jonak w Nowym Jorku, a w Kanadzie najpierw T. Jandziszak (po wyemigrowaniu do Kanady), a następnie Zbigniew Farmus w Toronto.
Publikacje PPN wydawała oficyna "Wydawnictwo im. Jerzego Łojka", nazwana tak dla upamiętnienia zmarłego historyka, który wspierał koncepcyjnie działania programowe PPN. Wydawano na małej poligrafii przegląd polityczny "Polska Niepodległa", pismo młodzieży PPN (Jarosław Kiepura) "Hotel Lambert" oraz biuletyny terenowe PPN "Sprawa", "Polska Niezależna", "Czyn Niepodległy", "Szaniec". Drukowano plakaty i znaczki. Wybito też medal pamiątkowy PPN.