Ze względu na słabość ruchu białoruskiego konflikt białorusko-litewski nie nabrał dotychczas istotnego znaczenia. W przeszłości jego przedmiotem była przynależność Wilna, uważanego przez Białorusinów za własne centrum narodowe, i Wileńszczyzny, którą oba narody traktowały w przeszłości jako w całości ich własne terytorium. Jednocześnie białoruscy działacze narodowi starali się tradycyjnie już szukać oparcia w Litwie przeciw Polsce i Rosji. Dlatego rząd Łastouskiego zgodził się na odstąpienie Litwie Grodzieńszczyzny. W traktacie litewsko-sowieckim z 12 lipca 1920 roku Rosja Sowiecka uznała, iż cała Wileńszczyzna, pozostająca jednocześnie obszarem spornym między Litwą a Polską, należy do Litwy. Po zajęciu Wilna i Wileńszczyzny w 1939 roku, Sowiety odstąpiły Litwie jedynie niewielką część obszaru, którego dotyczył traktat z 1920 roku, natomiast resztę Wileńszczyzny, zamieszkałą w ogromnej większości przez Polaków i Białorusinów, włączyły do BSRS. W 1940 roku, gdy Litwę przyłączono do ZSRS, wydzielono z BSRS następujące rejony: Druskienniki (Druskininkai), Dziewieniszki (Dieveniszkis) i oddano je Litewskiej SAS. Po obu stronach granicy, oprócz Litwinów i Białorusinów, pozostała jeszcze znaczna liczba ludności polskiej. Litwa nadal pretendowała do gmin: Varanava, Pelesa i Rodunia, zamieszkałych przez ludność litewską oraz do gminy Wydze (Vydżiai). Ponadto przy Białorusi pozostały wyspy 'litewskie: Apsas (Opsa), Gervecziai (Gierwiaty), Lazunai i Zietela otoczone przez wioski białoruskie i polskie. Po roku 1945 Litwini mieszkający w enklawach na terenie Białorusi zostali pozbawieni wszelkich praw narodowych, nawet nie mogli prenumerować oficjalnej prasy litewskiej i utrzymywać kontaktów z Litewską SAS. Sowiet Białorusi zagroził (29.03.1990), iż w wypadku wystąpienia Litwy z ZSRS, zażąda zwrotu Wilna i terenów przyłączonych do Litwy w latach 1939 i 1940. "Adradżeńnie" potępiło stanowisko RN BSRS jako działanie w interesie i na zlecenie Moskwy i zaznaczyło, że sprawy terytorialne powinny być przedmiotem negocjacji między Frontem a Sajudisem. We wspólnym oświadczeniu obu frontów pod- kreślono, iż gwarancje rozwoju obu narodów mogą dać tylko suwerenne i demokratyczne państwa, litewskie i białoruskie. W kwietniu 1900 roku doszło do spotkania delegacji litewskiej i białoruskiej. Postanowiono wówczas poprzeć tworzenie szkół, wydawanie publikacji, emisji audycji RTV itp. dla obu mniejszości na terenie litewskiej i białoruskiej Wileńszczyzny. Szczyt współpracy przypadł w okresie wizyty w Mińsku Landsbergisa (24.10.1991), który podpisał z Szuszkiewiczem deklarację o integralności obu państw. Wyznaczono też wspólną komisję parlamentarną do wytyczenia granicy białorusko-litewskiej w terenie oraz zobowiązano się do zagwarantowania warunków rozwoju narodowego obu mniejszościom. Landsbergis i Szuszkiewicz spotkali się jeszcze raz (3-4.01.1992), by uzgodnić wspólną politykę wobec żądań mniejszości polskiej. 25 lutego minister spraw zagranicznych Białorusi, Piotr Krauczanka ponowił jednak roszczenia terytorialne wobec Litwy. Jednocześnie w gazecie "Zwiazda" w Mińsku ukazał się anonimowy list, którego autorzy stwierdzili, iż Wilno i Wileńszczyzna stanowią "białoruski obszar etniczny", zaś traktaty cedujące je na rzecz Litwy, jako zawarte bez udziału Białorusi, jej nie obowiązują. W ten sposób zaznaczyły się dwa kierunki polityki białoruskiej wobec Litwy. Działacz BNF-u, Siarhiej Dubawiec przewidywał cztery scenariusze rozwiązania problemu białoruskiej mniejszości narodowej na terenie Litwy: przyłączenie regionu Wilna do Białorusi; powstanie polskiej republiki sowieckiej, która opanuje także Grodno i Brasław i będzie wynaradawiać Białorusinów; Białorusini założą własną partię i wybiorą swych posłów do sejmu litewskiego, a w Ignalinie stworzą regionalną administrację; władzę w Mińsku przejmie "Adradżeńnie" i utworzy wspólne państwo z Litwą. Litwini nie chcą jednak związku państwowego z Białorusią, podczas gdy Białorusini uważają, iż rozwiązałby on kwestię mniejszości. Działacze narodowi traktują federację z Litwą jako sposób na wzmocnienie własnego ruchu w obliczu promoskiewskich władz, te zaś widzą dla siebie możliwość zdominowania takiego związku i podporządkowania go interesom Rosji, czego właśnie chcą uniknąć Litwini, którzy odrzucają propozycje wspólnoty, obawiając się; że niepodległościowcy białoruscy nie zdołają pozbawić władzy grupy prorosyjskiej, a nawet gdyby do tego doszło, wówczas Litwa znajdzie się pod naciskiem trzykrotnie liczniejszego żywiołu słowiańskiego. Według Białorusinów i Litwinów przeważająca część mniejszości polskiej na Wileńszczyźnie to katolicka ludność białoruska nie mająca świadomości narodowej. Białorusin, Ściapan Duż-Duszeuski, członek komitetu d/s Litwy Wschodniej i obecny pomocnik litewskie- go administratora rejonu Solecznik, uważał, że na Litwie "nie ma problemu Polaków, a jest tylko problem bolszewików". Jego zdaniem ludność mówiąca po białorusku wstydzi się nazywać Białorusinami i uważa się za Polaków, gdyż chce "być panami". Od 1992 roku planowano otwarcie w rejonie Solecznik szkół białoruskich. Wystarczała deklaracja trojga rodziców, by utworzyć klasę białoruską. W perspektywie przewidywano uruchomienie białoruskiego programu radiowego i telewizyjnego, ale Białorusini sami podkreślali, że nie dysponują wystarczającym zapleczem kadrowym (mają jedynie około 100 działaczy), by wykorzystać wszystkie możliwości oferowane im przez władze litewskie. Rejon Solecznik, gdzie mieszka 2 tysiące Białorusinów, miał zostać przekształcony w region wielonarodowy. Na wiosnę 1992 roku powstało tu Stowarzyszenie Białorusinów. W przyszłości planuje się powołanie Białoruskiego Komitetu Narodowego jako reprezentacji politycznej ludności białoruskiej na Litwie. 20 lutego 1993 roku Towarzystwo Języka Białoruskiego przeprowadziło rozmowy w Ministerstwie Oświaty w sprawie odrodzenia gimnazjum białoruskiego. Ministerstwo na razie sprzeciwiło się tym planom, wskazując na niedostateczne przygotowanie merytoryczne Białorusinów i zaproponowało na początek otwarcie białoruskiej szkoły. Towarzystwo utworzyło grupę inicjatywną na rzecz odrodzenia gimnazjum, na czele której stanął Jury Hil. Białorusini obawiają się, że nowe władze litewskie mogą zmienić dotychczasową korzystną dla nich politykę na korzyść lituanizacji, w związku ze spadkiem napięcia w stosunkach litewsko-polskich, a więc również zmniejszeniem się zapotrzebowania na białoruskiego sojusznika. Poparcie Polaków dla grupy inicjatywnej Hila, skądinąd słuszne, może zwiastować odwrócenie sojuszy. W 1991 roku Białorusini wznowili wydawanie "Naszej Niwy", chcąc uczynić z Wilna drugi obok Mińska ośrodek ruchu narodowego. Ruch białoruski, choć w konflikcie z Polakami popierał stanowisko litewskie, nie chciał jednak w żadnym wypadku przystać na lituanizację ludności białoruskiej. Jeśli nie dojdzie do odwrócenia sojuszy, będzie on raczej pod skrzydłami litewskimi walczył z organizacjami polskimi o rząd dusz ludności pogranicza polsko-białoruskiego. Białorusini na Litwie są jednak silnie zrusyfikowani; jedynie 25 tys. spośród 63 tysięcy (1,7% ludności) Białorusinów na Litwie podaje białoruski jako język ojczysty, natomiast zna go wiele więcej osób uważających się za Polaków. Białorusini stanowią 3,8% mieszkańców rejonu solecznickiego, 4,7% wileńskiego i 4,1% trockiego. Skrajni nacjonaliści litewscy również nie wyrzekli się roszczeń terytorialnych; w 1991 roku "Voruta" pisała, iż warto byłoby przyłączyć do Litwy gminy Varanava i Pelesos. Z upływem czasu ton uległ zaostrzeniu. To samo środowisko obciążyło Białorusinów i Ukraińców odpowiedzialnością za akcje OMON na Litwie oraz szerzej, Słowian za wymordowanie dwu trzecich narodu litewskiego. Zażądano też wręcz wytyczenia granicy między Litwą i Białorusią zgodnie z traktatem z Rosją Sowiecką z 1920 roku, w tym zmiany linii granicznej między Polską i Białorusią z 1945 roku na wysokości Kuźnicy Białostockiej. W szczególności ekstremiści domagali się okręgu Druji i Brasławia (20.05.1992). W lutym 1993 roku pozostawało jeszcze do wytyczenia w terenie 20% linii granicznej między Białorusią i Litwą, w tym 10 odcinków należało do "najbardziej kontrowersyjnych". Premierzy obu krajów, Lubis i Kiebicz podpisali protokół graniczny (16.03.1993). W czasie spotkania omawiano też kwestię otwarcia gimnazjum białoruskiego w Wilnie.