W grudniu 1990 roku parlament uchwalił Ustawę o Głównym Inspektorze Sił Zbrojnych, by w ten sposób dodać cywilną kontrolę nad MON pozostającym wówczas nadal w rękach komunistów. Nie mianowano jednak nikogo, gdyż po przejściu MON przez cywila, posłowie nie widzieli takiej potrzeby. Po rozpadzie federacji dyskusja nad celowością istnienia GISZ odżyła na nowo. Klaus wypowiedział się przeciwko samodzielności GISZ, gdyż uważał, iż kontrola parlamentarnej kmisji obrony i bezpieczeństwa jest wystarczająca i w rezultacie urząd Inspektora podporządkowano MON (18.09.1993).
Spośród 1200 funkcjonariuszy kontrwywiadu wojskowego do maja 1990 roku zwolniono 400, a następnie jeszcze 600 osób; do 1993 roku dotrwało jedynie 73 starych pracowników. Wielu zwolnionych zatrudniono jednak ponownie w nowoutworzonej żandarmerii wojskowej, co oburzyło szefa czeskiego MON, Antonína Baudysza, który zapowiedział zmiany w tej dziedzinie.
Po zmianach kontrwywiad wojskowy liczył około 250 pracowników. Kierował nim generał-major Jan Duchek, zwolniony z wojska w 1970 i zrehabilitowany w 1990 roku. Ustawa o kontrwywiadzie wojskowym (VKR) precyzuje, iż zwalcza on obcą infiltrację oraz akty przestępcze skierowane przeciwko instytucjom i osobom wojskowym.
Do 1 sierpnia 1993 roku zwolniono 51% stanu Obronnego Wywiadu Wojskowego (VOZ). Kieruje nim generał-major Radovan Prochazka.
31 grudnia 1992 roku mianowano ministrem obrony ludowca Antonína Baudysza, federalnego wicepremiera (lipiec - grudzień 1992) i byłego wicepremiera czeskiego (grudzień 1990 - czerwiec 1992).
Baudysz postawił sobie za cel przekształcenie MON w indstytucję cywilną, a więc zwolnienie większości personelu wojksowego z miniserstwa. Cywile powinni przejąć kontakty z przemysłem zbrojeniowym i zagranicą. Sztab generalny miał grać odtąd rolę właściwego dowództwa armii. Minister zapowiedział też rozwój wyposażenia wojskowego i szybką integrację ze strukturami zachodnimi. Baudysz uważał pierwsze, tj. jeszcze federalne czystki w armii, za niewystarczające.
4 maja 1993 roku ogłoszono o dymisji szefa sztabu generalnego gen. Karela Pezla. Jednocześnie Baudysz zapowiedział wymianę starych struktur i awansowanie nowych ludzi.
15 czerwca skrócono służbę wojskową z 18 do 12 miesięcy.
30 czerwca prezydent Havel mianował Jirzíego Nekvasila, lat 45, szefem sztabu generalnego oraz nadał mu stopień generała brygady (30.06). Nekvasil był dotychczas szefem sztabu sił powietrznych i obrony przeciwlotniczej, studiował w ZSRS w Kaliningradzie (1974-1977) i w Moskwie (1988-1990).
Nowy szef sztabu zapowiedział « danie szansę młodym ». Armię opuszczali bowiem również młodzi niezadowoleni oficerowie w tempie 500 osób miesięcznie. Z wojska odeszła większość oficerów szkolonych w latach 1990-1993 na Zachodzie.
17 maja 1993 roku wszedł w życie rozkaz ministra obrony narodowej o lustracji oficerów. Jako kryteria Baudysz wymienił « nienaganną postawę moralną, sprawność fizyczną i kwalifikacje zawodowe ». Specjalne komisje miały do końca 1993 roku przeprowadzić rozmowy z każdym z 43 tys. zawodowych wojskowych. Zapowiedziano zwolnienie uczestników czystek dokonywanych po 1968 roku i osoby przygotowujące atak na studentów w 1989 roku. Była to trzecia czystka w wojsku.
W ciągu miesiąca odeszło 1500 oficerów nie chcąc się podporządkować weryfikacji. Do 1 sierpnia 1993 roku zweryfikowano 1620 oficerów i generałów, z których pozostawiono 618 osób, 905 zwolniono, a 97 opuściło ramię dobrowolnie. Spodziewano się, że zwolniona zostanie ponad jedna trzecia spośród 35433 oficerów.
W 1994 roku odeszło z armii 4730 zawodowych wojskowych, przyjęto natomiast 1871. W styczniu 1995 roku armia czeska liczyła 30 tys. zawodowch wojskowych.
W lipcu Baudysz powiedział « Lidovym novinom », iż na przełomie maja i czerwca 1993 roku stał się przedmiotem gier wywiadowczych. Minister odwołał generała Jana Duchka, szefa Wojskwego Wywiadu Obronnego, pod zarzutem, iż albo przystał na prowokację, albo dał się zmanipulować ale pozostawił go w wojsku.
Otóż jeszcze w marcu 1993 roku pięciu oficerów czeskiego sztabu generalnego przekazało ministrowi Baudyszowi propozycję rosyjskiego rezydenta KGB sprzedania za 5 mln koron (około 200 tys. dolarów) diskietki z nazwiskami oficerów rosyjskich agentów KGB. Baudysz gotów był dokonać transakcji, ale gdy zażądał próbki, okazało się, iż proponowane materiały nie zawierają żadnych informacji ani nazwisk agentów. Była więc to manipulacja, w której chodziło o oskarżenie ministra o marnotrawienie pieniędzy lub uzyskanie wpływu na jego decyzje.
Zdaniem szefa sztabu, generała Nekvasila, jedna trzecia oficerów powitałaby powrót do dawnych stosunków (lipiec 1994).
Od 1 lipca 1993 roku rozpoczęła się restrukturyzacja wojska. Według projektu Baudysza z czerwca, stan armii czeskiej powinien zmniejszyć się ze 106 tys. (1.01.1993) do 93 tys. w końcu 1993 roku i 65 tys. do końca 1995 roku. Należało też zmienić sowiecką strukturę dywizyjną na brygady. Liczba zawodowych wojskowych miała ulec redukcji z 43 tys. do 32 tys. Siły Naziemne docelowo powinny liczyć 28 tys. ludzi i dysponować 957 czołgami, 767 sztutami artylerii i 954 wozami bojowymi. Składałoby się na nie 27 brygad i dwa naziemne pułki ruchome oraz zawodowa Brygada Szybkiego Reagowania przeznaczona do współdziałania z siłami NATO. Projekt przewidywał utworzenie do marca 1994 roku dwu dowództw Sił Naziemnych: jedno kierowałoby Siłami Obrony Terytorialnej, a drugie Ruchomą Siłą Naziemną.
Siły Powietrzne docelowo powinny liczyły 20500 ludzi i dysponować 150 samolotami i 36 helikopterami. Kierowanie siłami powietrznymi ulegało rozdzieleniu na dowództwo Sił Powietrznych i dowództwo Obrony Przeciwpowietrznej. Jednocześnie zamykano 5 z istniejących 12 lotnisk wojskowych.
7 listopada 1995 roku, na spotkaniu z oficerami w MON prezydent Havel stwierdził, iż główna faza transformacji wojskowej została zakończona i obecnie Czesi dysponują nowoczesną armią w demokratycznym państwie.
W 1993 roku szacowano, że dopasowanie armii czeskiej do wymogów NATO będzie kosztowało dodatkowo 688 mln dolarów rocznie wydatkowanych przez 12 lat przy aktualnym budżecie rzędu 800 mln dolarów rocznie, tj. podniesienia wydatków z obecnych 2% do 3% PKB. Klaus, dla którego reforma gospodarcza zawsze stanowi priorytet wszelkich działań, nie widział możliwości przekroczenia na wydatki wojskowe 2,5% PKB.
Jesienią 1995 roku CzSSD domagała się cięć w budżecie wojskowym i wydatkowania zaoszczędzonych w ten sposób środków na poprawę bezpieczeństwa obywateli. Prezydent Havel wypowiedział się natomiast za inwestycjami na modernizację armii i jej zgodności ze standardami NATO, gdyż obecny okres decyduje o integracji z Europą.
W ramach podziału sprzętu wojskowego między Czechy i Słowację, Pradze przypadło w teorii dwie trzecie wyposażenia ruchomego, ale 20 Migów 29 podzielono po połowie, gdyż Czechy rozpoczęły przezbrajanie na wyposażenie zachodnie i nie zależało im na sowieckich maszynach.
Do roku 2000 planuje się zastąpienie Migów 21 i 29. W tym celu od września 1995 roku rozważa się zakup 7 amerykańskich maszyn F 16-a (w leasingu) i 16 zmodernizowanych F 16-As za 10 mld. koron. W kwietniu wydawało się, że zakup będzie możliwy, mimo że ministrowie gospodarczy odrzucili plan transformacji armii ministra HoláĄa (3.01.1996).
Minister Holᥠpodpisał z sekretarzem obrony USA Williamem Perrym umowę o ochronie tajemnicy zapewniającą Czechom dostęp do wojskowych informacji USA (20.09.1995). W tym czasie odbyły się manewry « Olszina », w których udział wzięło 170 żołnierzy amerykańskich, 135 niemieckich i 300 czeskich.
28 września 1995 roku Havel stwierdził iż Republika Czeska będzie gotowa przyjąć na swym terytorium broń nuklearną z przyczyn strategicznych, « choć w żaden sposób nie może sobie wyobrazić takiej sytuacji ». Prezydent przypomniał, że członkostwo w NATO niesie z sobą też zobowiązania. Później Havel potwierdził swoje stanowisko, zaznaczając, iż nie widzi powodu dla którego broń jądrowa nie powinna zostać rozlokowana na terenie Czech (20.04.1996).
Prezydent Havel, komentując moskiewskie rozmowy czesko-rosyjskie z 5 marca 1996 roku, stwierdził, iż NATO powinno przekonać Rosję, że nie reprezentuje żadnego zagrożenia dla niej, a rozszerzenie NATO dałoby nawet więcej stabilności u jej granic (6.03.1996). Prezydent uważał widocznie, że Rosja pragnie stabilności u swych sąsiadów, która uniemożliwiłaby jej ekspansję i dominację w państwach dawnego obozu. Jak bowiem powszechnie wiadomo Rosja troszczy się wyłącznie o pokój i brak własnych wpływów w krajach ościennych. Przerażona, że rozszerzenie Paktu przyniesie destabilizację i wzrost jej wpływów, sprzeciwia mu się z determinacją.
12 marzec 1996 roku Havel wygłosił przemówienie w parlamencie, w którym przeprowadził paralelę między Monachium i obecną sytuacją, jeśli zmiany okażą się niemożliwe. Prezydent wystąpił przeciw iluzji neutralości w obecnym świecie i izolacji lub nacjonalizmowi.
Zdaniem prezydenta, « niebezpieczeństwo nowego Monachium krąży znów nad Europą », podczas gdy zasadnicze reformy polityczne i gospodarcze zostały już dokonane i dlatego Czechy nadają się do przyjścia w skład NATO.
Gdy Warren Christopher przybył do Pragi, by omawiać sprawę bezpieczeństwa regionalnego (19.03), Havel starał się przedstawić jako zwolennik współpracy z Rosją. Zapewniał, iż trudno wyobrazić sobie pokój w Europie bez « dobrej współpracy » między NATO i Rosją (20.03). Później na spotkaniu z dziennikarzami Havel sugerował potrzebę większej kooperacji między NATO i Rosją (3.04).
Generał Javier Solana przybył do Pragi (29.04.1996), gdzie prowadził rozmowy z premierem Klausem, prezydentem Havlem i ministrami, Holániem i Zieleńcem, po czym obiecał, iż decyzja jak rozszerzać Pakt zostanie podjęta w grudniu 1996 roku.
9 maja 1996 roku Havel znów ostrzegał, iż Europa Środkowa może być stracona na zawsze, jeśli Pakt Północnoatlantycki nie przyjmnie jej. « Zachodnie niezdecydowanie stworzyło vacuum i przekonało niektórych Rosjan, że świat może być nadal podzielony na strefy wpyłwów ». Przywódcy zachodni byli dotąd niezdolni do szukanai rozwiązań na daleką metę w Europie Środkowej, co stwarza pożywkę dla konfliktów i prób zbudowania własnego porządku opartego na ekstremalnym nacjonalizmie i demagogii, jak starają się to czynić Żirinowski i Miloszević.
Gdyby jednak Sojusz objął nowe demokracje, Havel, który w 1990 roku chciał rozwiązać NATO, teraz przewidywał istotną zmianę charakteru Paktu. NATO «mogłoby zostać przekształcone w podstawę nowej struktury bezpieczeństwa w Europie.» i w przyszłości « być jednym z narzędzi poszukiwania nowego porządku w Europie ». Prezydent przewidywał, że Pakt może mieć doczynienia z zupełnie innymi zadaniami niż w trakcie zimnej wojny, włączając w to walkę z falą przestępstw, narkomanii, konflikty regionalne i terroryzm. NATO miałoby więc przekształcić się z sojuszu obronnego w rodzaj międzynarodowej policji.
Jednocześnie ze staraniami o przyjęcie do NATO, Czechy zbliżyły się do Ukrainy; 3 kwietnia 1996 roku minister Holáń podpisał umowę o współpracy wojskowej z tym państwem.
W lutym 1994 roku za przystąpieniem do NATO opowiadało się 56% obywateli. Według sondażu z lipca 1995 roku za członkostwem w Pakcie wypowiedziało się 37%, zaś przeciwko 24% badanych. Jeśli dane te odpowiadają prawdzie, zmiana ta mogła zostać wywołana przez akcję propagandową komunistów. Grebeniăek twierdził, iż przystąpienie do NATO i Unii Europejskiej stanowić będzie krok na drodze do przejścia kontroli nad Czechami przez Niemców. Według KSCzM Bośnia dowodzi, że NATO jest paktem agresywnym i narzuca swoje interesy, dlatego przystąpienie doń wymaga zastanowienia. W końcu czerwca 1995 roku komuniści zaczęli zbierać podpisy pod petycją do parlamentu w sprawie rozpisania referendum, w którym obywatele odpowiedzieliby na pytanie czy przystąpić do NATO.
24 lutego 1996 roku organizacja młodzieżowa KSCzM zoraganizowała demonstrację przeciw NATO i UE. Po starciach z kontrmanifestacją zwolenników Paktu i Unii interweniowała policja.
Do końca marca 1996 roku komuniści zebrali pod petycją o referendum 85 tys. podpisów i kontynuowali tę akcję do 30 maja, a więc do wyborów parlamentarnych.
Weryfikacja w Armii Czeskiej
Samo studiowanie w sowieckiej szkole wojskowej nie jest wprawdzie dowodem na czyjąś agenturalną działalność, ale stanowi tzw. ryzyko dla bezpieczeństwa, gdyż zwerbowanie przez sowieckie, a później rosyjskie służby takiego studenta jest bardziej prawdopodobne, niż kogoś, kto uczył się np. w amerykańskim West Point.
Generał Nekvasil, naczelnik sztabu generalnego, sam należący zresztą do starej kadry, podejrzewał, że absolwenci sowieckich uczelni wojskowych czują się bardziej "Rosjanami niż Czechami". Zdaniem Stanislava Devatego, byłego dyrektora Służby Informacji i Bezpieczeństwa – BIS (czeski odpowiednik naszego UOP), wielu wysokich oficerów armii czeskiej do dziś jest agentami KGB, czy raczej służb na jakie ta instytucja została rozdzielona.
Wojsko nie jest wyjątkiem, ponieważ w dyplomacji również pracują jeszcze ludzie związani z dawnym ustrojem. To w armii jednak zacznie się obecnie weryfikacja, czyli prześwietlanie, oficerów, które ma zadecydować kto z nich będzie dopuszczony do tajemnic NATO. Wątpliwe by Zachodowi udało się narzucić podobną procedurę Polsce. Unijne kierownictwo MON raczej wybierze rezygnację z dostępu polskich oficerów do tajemnic NATO niż uczciwą weryfikację pod kontem wyeliminowania starych kadr, stwarzających ryzyko dla bezpieczeństwa.