Slużba Národní Bezpecznosti dzieliła się na dwa równoległe piony: Veżejná Bezpecznost - VB, Bezpieczeństwo Publiczne czyli czeski odpowiednik Milicji Obywatelskiej i Státní Bezpecznost - StB, Bezpieczeństwo Państwowe, a więc Służbę Bezpieczeństwa. VB podłegała republikańskim ministerstwom spraw wewnętrznych MSW, natomiast StB federalnemu MSW, z czego już wynikało jej nadrzędne położenie.
SNB dzieliła się na pięć zarządów: I Zarząd Główny SNB zajmował się wywiadem, II Zarząd Główny SNB czyli kontrwywiad posiadał szereg departamentów, z których cztery: IX, X, XI i XII miały za zadanie zwalczanie wrogowa wewnętrznego, III Zarząd Główny SNB oznaczał kontrwywiad wojskowy, IV Zarząd Główny SNB prowadził prace śledcze, V Zarząd Główny SNB zajmował się ochroną działaczy partyjnych i państwowych.
1 czerwca 1954 roku minister Barák wprowadził rejestrację agentów i od tego czasu istniała centralna kartoteka. Od 1988 roku dane dotyczące agentów zaczęto wprowadzać do kartoteki komputerowej.
Kiedy 24 listopada 1989 roku KC zdecydowało o politycznym rozwiązaniu kryzysu, wydano polecenie zniszczenia zasobów archiwalnych StB. Jako odpowiedzialny za tę akcję sądzony był później zaocznie wiceminister Alojz Lorenc.
Od grudnia 1989 roku do stycznia 1990 roku prowadzono likwidację zasobów operacyjnych (razem 50135 teczek): ze 112 teczek rezydentów zniszczono 54, na 11768 tajnych współpracowników zlikwidowano 5179 teczek, spośród 551 teczek właścicieli mieszkań konspiracyjnych zdążono zlikwidować 134, na 251 teczek osobowych zniszczono 195, na 3299 tzw. przedmiotowych teczek (osoby ewidencjonowane) zlikwidowano 1275, ze 172 dossier kontrolnych nie ocalało żadne, z 3351 teczek kandydatów na tajnych współpracowników zniszczono 1192, na 12927 teczek osób zaufanych (duviernik) zlikwidowano 8632, spośród 8644 dossier osób sprawdzonych (proviżeni) zniszczono 4701, z 73 teczek osób wrogich kategorii I zniszczono 65, w kategorii II z 244 zlikwidowano 238, w III z 5668 teczek ocalały jedynie dwie i w kategorii IV z 1225 tylko jedna! Dane te opracował w 1991 roku Urząd Dokumentacji i Badania Działalności Bezpieczeństwa Państwa przy Urzędzie Śledczym Policji Republiki Czeskiej. Według Jana Szuberta, rzecznika MSW, zniszczono 33310 teczek (23.03.1994). W 1989 roku kontrwywiad ewidencjonował w centrum i w krajach (województwach) 52.036 aktualnych teczek osobowych. Zdaniem Jaroslava Baszty wywiad wojskowy zaczął likwidację zasobów operacyjnych w 1988 roku, a cywilny w maju następnego roku, a zatem na długo przed decyzją KC. Wojskowi wcześniej niż partyjni aparatczycy spodziewali się więc zmiany ustroju lub wiedzieli o niej. I wreszcie 21 lutego 1996 roku Jan Frolik, kierownik służby archiwalnej MSW, oświadczył, iż ministerstwo ma jeszcze 60 tys. teczek StB. W sumie od 1954 roku, tj. od czasu decyzji Baráka, MSW zgromadziło 900 tys. dossiers ale część zniszczono, a część zniknęła (podkr. J. Darski)! Sprawa ta wielokrotnie wracała na forum publiczne Na przykład w marcu 1994 roku były główny prokurator wojskowy M. Krzíżenecky stwierdził: « jestem przekonany, że faktycznie nie doszło do zniszczenia większości materiałów StB. Szereg byłych pracowników tej instytucji dostało się do teczek ludzi, którzy obecnie zajmują ważne stanowiska w gospodarce i polityce".
Po zniszczeniu operatywnych zasobów archiwalnych nowe kierownictwo MSW zaczęło rekonstruować sieć byłych współpracowników StB w oparciu o informacje z archiwów lokalnych, które zgromadzono w Pradze oraz starano się odzyskać informacje z twardego dysku komputera MSW. Po kilku miesiącach praca ta uwieńczona została sukcesem. W 1992 rochu ocalałe archiwa podzielono na część czeską i słowacką i te ostatnią przekazano do Bratysławy. Po utworzeniu pierwszego polistopadowego rządu, na prośbę premiera czeskiego i przewodniczącego Zgromadzenia Federalnego, MSW lustrowało pracowników biur rządowych i parlamentarnych ale nie zajmowało się ani posłami, ani ministrami. 15 marca 1990 roku, za zgodą ówczesnego ministra spraw wewnętrznych Sachera, mjr. Novotny, (pracował przeciw opozycji w latach 1975-1979), mianowany 5 stycznia na stanowisko kierownika Zarządu Wewnętrznego i Organizacyjnego federalnego MSW, zarządził lustrację posłów bez ich wiedzy. Zadanie wykonał mjr. Rambousek, mianowany 1 lutego szefem Departamentu Statystyki i Ewidencji, posiadającego 700 tys. kart. Fakt ten odkryty 9 kwietnia przez członków komisji weryfikacyjnej federalnego MSW, przedostał się do wiadomości publicznej 18 kwietnia jako Sachergate. Rambousek zlustrował posłów federalnych i republikańskich oraz działaczy politycznych, zwłaszcza członków rządów. Według raportu prokuratora Pavla Rychetskiego celem owej lustracji było wykorzystanie jej wyników w życiu politycznym. Sacher polecił również wyłączyć informacje o działaczach politycznych (posłowie, członkowie rządów) z dawnych archiwów MSW do osobnego zbioru, zwanego « Z », do którego miał wyłączny dostęp. Ostatnim « dziełem » Sachera w MSW było przygotowanie przez jego doradców wspomnianej już umowy o współpracy z KGB, oficjalnie anulowanej dopiero po roku od podpisania.
W ramach realizacji żądań studenckich 29 listopada 1989 roku Zgromadzenie Federalne powołało wspólnie z Czeską Radą Narodową « komisję do zbadania i wyjaśnienia wydarzeń 17 listopada w Pradze », dalej zwaną pierwszą Komisją 17 Listopada. Składu komisji nie konsultowano ani ze studentami, ani z Forum Obywatelski i ich przedstawiciele do niej nie weszli. W skład I Komisji weszli bezpartyjni: V. Sztix, I. Kiesová (Sniemovna lidu) i A. Kocurová (CzNR), narodowi socjaliści: J. Ládr i L. Fanta (Sniemovna lidu), komuniści: A. Dżupina i J. Stank (Sniemovna narodu) i F. Hofman (CzNR) oraz ludowiec: Bartoszková, a także czterej studenci: V. Bartuszka, R. Krzíż, J. Bubeník i J. Solil. Trzech spośród 13 członków komisji było tajnymi współpracownikami StB.
30 listopada komisja wybrała swym przewodniczącym Stanka a rzecznikiem prasowym Fantę, zaś na ekspertów powołała dwu członków OF: O. Motejla i J. Danisza. 12 grudnia Zgromadzenie Federalne mianowało ich także członkami komisji. Gdy w styczniu 1990 roku Motejl został przewodniczącym Sądu Najwyższego zastąpił go M. Hulik. Komisja zakończyła swą działalność w maju 1990 roku i złożyła z niej raport, w którym odpowiedzialnością polityczną za atak na Národní trzidie obciążyła Jakesza i Sztiepána oraz wnioskowała o pozbawienie ich mandatów. Wówczas oboje sami je złożyli. Komisja wniosła też o zawieszenie funkcjonariuszy uczestniczących w ataku. Postanowiono przeprowadzić z nimi rozmowy i zdecydować o ich pozostawieniu lub usunięciu z SNB. Komisja stwierdziła, iż istnieją oznaki, że atak był kierowany z dwu centrów, nie wyjaśniła jednak politycznego tła ataku i jego związków z działalnością StB. Po wyborach, 20 września 1990 roku na wniosek komisji obrony i bezpieczeństwa Zgromadzenia Federalnego powołano Komisję śledczą Zgromadzenia Federalnego do wyjaśnienia wydarzeń 17 listopada, czyli dalej II Komisję 17 Listopada. W jej skład weszli: Jozef Szepetka, Sztefan Baczinsky i Sztefan Glezgo z VPN, Eduard Basztigal z SNS, Julius Bobovnicy z KDH, Jaroslav Cuhra z CzSL, Milosz Krejcar z HSD SMS, Petr Burian i Jrzí Ruml z OF (niezależni), Stanislav Deváty, Jirzí Pospíszil, Jan Vidím i Petr Toman z OF (ODS) oraz Jirzí Dienstbier z OF (OH). Przewodniczącym komisji wybrano Rumla, a jego zastępcą Pospíszila, sekretarzami zostali: Dienstbier i Vidím.
Członkowie komisji podpisali oświadczenia, iż nie byli agentami StB. Wówczas jednak otwarto ich teczki i okazało się, że Burian był TW StB, musiał więc ustąpić. Z własnej woli natomiast podał się do dymisji Dienstbier (marzec 1990).
Minister Langosz nakazał udostępnienie Komisji archiwów i nakazał współpracę z nią (16.11.1990), a następnie zwolnił urzędników z obowiązku ochrony tajemnicy państwowej wobec Komisji (5.12.1990); tę samą dycezję podjęli: szef MON Lubosz Dobrovsky, prokurator generalny Ivan Gaszparovicz i szef czeskiego MSW, Tomász Sokol (7.11.1990).
31 grudnia 1991 roku II Komisja zakończyła działakność. W swoim sprawozdaniu stwierdziła, że nie znalazła dowodów na istnienie dwu równoległych centrów dowodzenia atakiem 17 listopada; atak był zaplanowany i zrealizowany zgodnie z planem. KGB informowano o przebiegu wydarzeń, ale jego wpływ był nieznany Komisji. Pozostało nadal niejasne czy i kto kierował StB poza ówczesnym kierownictwem politycznym Jakesza.
W lipcu 1993 roku minister Ruml ujawnił, iż przy porządkowaniu materiałów okazało się, że naruszono pieczęcie materiałów II Komisji 17 Listopada. Dlatego 27 września grupa robocza Izby Poselskiej zaczęła kontrolować jej dokumentację. Pracę ukończono w grudniu, ale przewodniczący grupy roboczej, P. Tollner (KDS), odmówił odpowiedzi na pytanie czy coś zginęło, tłumacząc się obowiązkiem zachowania tajemnicy państwowej. Komisja otrzymała również zadanie pierwotnie nie przewidywane. Jeszcze przed czerwcowymi wyborami wiceminister federalnego MSW, Jan Ruml, ujawnił, iż Josef Bartonczik, był tajnym współpracownikiem StB i dletego - jego zdaniem - nie powinien sprawować żednego urzędu publicznego. Na polecenie Prokuratora Generalnego opubliowano dokumenty dowodzące współpracy przewodniczącego ludowców. Bartonczik musiał w końcu odejść ze stanowiska szefa partii, ale wybrany w czerwcu 1990 roku pozostał posłem. 10 stycznia 1991 roku Zgromadzenie Federalne powierzyło II Komisji 17 Listopada wyjaśnienie kto wśród posłów, członków rządu, pracowników kancelarii rządu i parlamentu Czechosłowacji i w jakiej kategorii był zarejestrowany jako współpracownik StB. Komisja zbadała zgodność z prawdą oświadczeń posłów, iż w przeszłości nie współpracowali z StB. Komisja ogłosiła następnie publicznie nazwiska deputowanych, którzy złożyli fałszywe deklaracje (22.06). Lista obejmowała 16 posłów Zgromadzenia Federalnego, w tym oprócz wspomnianego już Bartonczika, szefów ruchu morawskiego Bartę i Tomisa oraz Jan Kavan z OF (później CzSSD). Pozostałym kategoriom osób weryfikowanych dawano wybór: samodzielne odejście z urzędu lub publiczne ogłoszenie faktu współpracy. Gdy Komisja zakończyła sprawdzanie członków rządu, pracowników Kancelarii i Biura Prezydium Rządu, zaproponowała weryfikację dziennikarzy i ujawnienie całej siatki agentów i funkcjonariuszy StB zajmującej się zwalczaniem « wroga wewnętrznego » (24.05.1991), ale parlament odrzucił jej wniosek (29.05). W praktyce weryfikacje trwały dłużej i nigdy nie podano liczby agentów StB odkrytych w badanych urzędach. 10 czerwca rząd stwierdził, iż w aktualnym jego składzie nie ma żadnego członka « pozytywnie » sprawdzonego. Niezależnie od weryfikacji w Zgromadzeniu Federalnym, we wrześniu 1990 roku rozpoczęto kontrolę pracowników MSZ. Do sierpnia 1991 roku wykryto tu 50 tajnych współpracowników StB, w tym 6 na stanowiskach ambasadorów. Najwięcej agentów pracowało w ambasadzie w Moskwie. W listopadzie 1991 roku jeszcze 26 agentów StB pozostawało w MSZ kierowanym przez Dienstbiera. W grudniu było już ich « tylko » 13.
27 sierpnia KAN wystosował list otwarty do prezydenta Havla, w którym zarzucał mu tolerowanie braku oczyszczenia życia politycznego. W grudniu 1991 roku odbyły się w Pradze manifestacje pod hasłem dokończenia rewolucji. W atmosferze walki o usunięcie tajnych współpracowników StB z najwyższych władz państwowych Zgromadzenie Federalne uchwaliło większością jednego głosu ustawę lustracyjną (10.10.1991). Zakazała ona na okres 5 lat (do 31.12.1996) zajmowania stanowisk publicznych pochodzących z mianowania, wyboru i urzędu, stanowisk w organizacjach państwowych oraz w spółkach akcyjnych o większościowym udziale państwa, obywatelom, którzy między lutym 1948 i listopadem 1989 roku byli: 1) funkcjonariuszami StB, ich współpracownikami różnych kategorii (rezydent, właściciel konspiracyjnego mieszkania, informator, współpracownik ideowy), 2) świadomymi współpracownikami StB (zaufani i kandydaci na tajnych współpracowników), 3) pracownikami aparatu partyjnego od poziomu powiatu (okres), z wyjątkiem okresu styczeń 1968 - maj 1969, lub członkami komitetów działania Frontu Narodowego oraz komitetu weryfikacyjnych po 25 lutego 1948 roku i komisji weryfikacyjnych i normalizacyjnych po 21 sierpnia 1968 roku, 4) członkami Milicji Ludowej, 5) studentami lub stażystami w szkołach KGB ponad trzy miesiące. O grupach pierwszej i drugiej oświadczenie wydaje federalne (od 1 stycznia 1993 czeskie) MSW w terminie 60 dni, w pozostałych kategoriach wystarczy oświadczenie na honor samego obywatela. Członkowie grup 2 - 5 mogą zwrócić się do komisji kwalifikacyjnej o zbadanie ich przypadku. Wszyscy zainteresowani mogą zwrócić się do sądu, który będzie mógł potwierdzić lub odrzuvić twierdzenie MSW lub komisji. Ustawa nie dotyczy osób, które po 17 listopada zostały zrehabilitowane, a więc wcześniej były karane za działalność opozycyjną, o ile nie były pracownikami lub współpracownikami StB. Punkt ten dotyczy więc byłych pracowników aparatu partyjnego. Jeśli działali oni w opozycji lecz nie zostali skazani, podlegają ustawie na równi z osobami z grup 1 - 5.
W MSW i MON na stanowiskach zajmowanych od stopnia pułkownika wzwyż nie mogą pracować osoby, które we wzmiankowanym okresie pracowały w kontrwywiadzie na stanowiskach od naczelnika departamentu wzwyż, studiowały w szkołach KGB lub pracowały na kierowniczych stanowiskach w komórkach partii komunistycznej do spraw wojska i bezpieczeństwa. Dla pracowników kontrwywiadu minister spraw wewnętrznych lub dyrektor Federalnej (później czeskiej) Służby Bezpieczeństwa i Informacjii - (F) BIS może uczynić wyjątek. Funkcjonariusze wywiadu i kontrwywiadu wojskowego oraz ich agenci nie zostali więc objęci przez ustawę lustracyjną. Antyklausowa prawica widziała w tym potem przyczynę więlu późniejszych afer (patrz niżej).
O weryfikację własnej osoby może poprosić każdy obywatel po ukończeniu 18 roku życia. O weryfikację redakcji może za zgodą poszczególnym dziennikarzy zwrócić się wydawca lub użytkownik środków masowej komunikacji, podobną możliwość mają ktwa partii i ruchów politycznych. Bez zgody zainteresowanego nie można publikować ekspertyzy MSW lub komisji.
Kategoria « świadomy współpracownik » StB została sformułowana nieprecyzyjnie i dlatego spowodowała wiele nieporozumień. Dlatego MSW musiało wprowadzić zmiany do wydawanych piebie zaświadczeń. Zgodnie z ustawą za « świadomą współpracę » uważa się fakt zarejestrowania obywatela w ewidencji StB jako: człowieka zaufanego (duviernik-D), kandydata na tajnego współpracownika (KTS) lub tajnego współpracownika zaufanego kontaktu (TS DS), który wiedział, iż spotyka się z funkcjonariuszami StB i przekazywał im informacje w drodze taego kontaktu lub spełniał nakładane na niego zadania. Tymczasem MSW może tylko stwierdzić czy obywatel został zarejestrowany pod jedną z trzech wymienionych kategorii, w żadnym natomiast wypadku nie może wydać zaświadczenia o jego świadomej współpracy lub jej braku. Zaświadczenia MSW stwierdzały więc wyłącznie fakt rejestracji i nie wypowiadały się czy sama współpraca istniała i jaki miała charakter. Obywatel po otrzymaniu zaświadczenia pozytywnego, tj. stwierdzającego fakt rejestracji, może zwrócić się do niezależnej komisji, aby rozsądziła czy współpracował on świadomie z StB. W praktyce jednak orzeczenia takie wydawały sądy, przed które zainteresowani pozywali MSW.
28 stycznia 1994 roku VONS domagał się ustąpienia ministra sprawiedliwości Jirzíego Novaka, zarzucając mu "niekonsekwentne oczyszczenia" mininisterstwa z sędziów, którzy przed Listopadem naruszali prawa człowieka. Novak odpowiedział, iż w 6 przypadkach podanych przez VONS wszczął karne postępowanie, natomiast w 8 nie, co jeszcze nie oznacza braku czystki. 18 stycznia 1995 roku Sąd Najwyższy Republiki Czeskiej zdecydował, iż zgodnie z ustawą nr 128 i 209 z 1990 roku absolwenci Wyższej Szkoły SNB nie mają kwalifikacji do udziału w Czeskiej Izbie Adwokackiej i w II Izbie Prawników Handlowych, nawet jeśli później złożyli egzaminy na uniwersyteckim wydziale prawa. Pozostała jeszcze kwestia 1200 biegłych sądowych. Mimo że wielu z nich mogło współpracować z StB, ustawa lustracyjna ich nie dotyczy, tymczasem biegli grają ważną rolę w procesie prywatyzacji. Po wejściu w życie ustawy lustracyjnej antykomunistyczna prawica toczyła walkę o jej jak najszersze zastosowanie, przedłużenie okresu ważności oraz o wprowadzenie w życie rozwiązania niemieckiego, czyli udostępnienie zainteresowanym prowadzonych na nich teczek wraz z niezamazywanymi nazwiskami donosicieli. W końcu 1993 roku za udostępnieniem archiwów StB wypowiedziały się ODA, LSNS, KDS i z wahaniami ludowcy, natomiast ODS początkowo zachowywało milczenie. Przed drugimi wyborami samorządowymi, do 15 września 1994 roku, o lustrację 22 tys. kandydatów zwróciły się: ODS, ODA, KDU, CzSL-KDU, DEU, KAN, Partia Agrarna, CzSSD, CzMSS. Podstawowe siły polityczne zaakceptowały więc zasadę lustracji, a można nawet powiedzieć, iż stała się ona niezbędnym elementem życia politycznego. Ustawa lustracyjna nie zabraniała kandydowania do rad gminnych. Gdy jednak przed wyborami samorządowymi w 1994 roku na czele listy organizacji emerytów - « Duchdci za żivotní jistoty », pojawił się major Tita, były śledczy StB, jedna interwencja w prasie wystarczyła, żeby usunąć go z listy kandydatów, ponieważ w Czechach inaczej niż w Posce wysuwanie ubeków na kandydatów w wyborach nie jest uważane za dopuszczalne i przyspażające głosów. Dane dotyczące wyników realizacji ustawy lustracyjnej w latach 1991-1995 różnią się nieco w zależności od daty komunikatu MSW Najpierw podano do wiadomości, iż od przyjęcia ustawy lustracyjnej do jesieni 1994 wydano 237 tys zaświadczeń, w tym 9444 pozytywnych, z tego 4476 osób było pracownikami StB, a podobną liczbę stanowili agenci StB. Ministerstwo przyjęło 577 próśb o przebadanie wyniku lustracji, głównie agentów. Następnie stwierdzono, iż od 4 października 1991 do 31 lipca 1995 roku wydano 270 tys. zaświadczeń, w tym 8 tys. pozytywnych. Obsługiwano przeciętnie 250 klientów tygodniowo. I wreszcie 21 lutego 1996 roku Jan Frolik z MSW, oświadczył, iż wydano 250 tys. zaświadczeń lustracyjnych, z tego 15 tys. pozytywnych. Połowa pozytywnie zweryfikowanych była TW, połowa znajdowała się na filach StB. 550 osób zaskarżyło pozytywne zaświadczenia MSW. Według rzecznika MSW Szuberta, w okresie od grudnia 1992 roku do grudnia 1994 roku na podanych wówczas na ministerstwo 409 skarg, zakończono około 70 spraw, w tym 10 sąd wstrzymał, gdyż pozwy zostały sformuowane błędnie, albo kazał je wycofać, 5 sporów wygrało ministerstwo, w jednym wypadku musiało zapłacić 200 tys. koron odszkodowania, a 54 pozostałe toczyły się nadal lub MSW je przegrało. Trzy sprawy agentów StB przeciwko MSW wywołały szczególny rozgłos. Najdłużej toczył się proces w sprawie Jana Kavana (CzSSD), przed rewolucją dyrektora londyńskiej « Palach Press » i głównego kontaktu organizacyjnego Karty 77 na Zachodzie. Kavan był zarejestrowany w I Zarządzie SNB (wywiad) w tomie nr 12402 jako współpracownik StB w kategorii TS DS o pseudonimie Kato i utrzymywał kontakt z StB minimum od 1968 do czerwca 1970 roku. Inne dokumenty świadczące o jego współpracy nosiły późniejsze daty. Kavana oskarżano o wydanie w ręce StB osób transportujących dla Karty 77 z Zachodu bibułę ukrytą w specjalnie przerobionej kamionetce. Osoby odpowiedzialne za transport zostały skazane na wiele miesięcy więzienia. 23 września 1994 roku sąd uznał, że Kavan nie był świadomym współpracownikiem StB, chociaż zaewidencjonowano go jako tajnego współpracownika i od lutego 1969 do sierpnia 1970 roku stykał się z funkcjonariuszami StB, ale jeśli przekazywał im jakieś informacje, to czynił to nieświadomie. Po odwołaniu, 16 stycznia 1996 roku sąd wyższej instancji stwierdził, iż Kavan nie był TW, nie wiedział, że pracownicy ambasady, z którymi się spotykał, byli oficerami StB, nie wiedział, że przyjaczni się z funkcjonariuszami StB i żadnych zadań nie wypełniał oraz nie udzielał im informacji. MSW przegrało proces z Kavanem, gdyż na poparcie swych twierdzeń o jego agenturalnej działalści dysponowało jedynie materiałami na mikrofiszach, natomiast sąd wymagał przedstawienie wyłącznie oryginalnych dokumentów i wszystkie inne materiały odrzucał. Zdena Salivarová, była dysydentka i żona pisarza Szkvoreckego, mieszkająca w Kanadzie od 1968 roku, zwróciła się o zaświadczenie lustracyjne jako Szkvorecká i została zlustrowana negatywnie. Gdy jednak podpisała prośbę o lustrację nazwiskiem panieńskim, otrzymała zaświadczenie pozytywne: w latach 1958-1961 była ewidencjonowana jako TW pod pseudonimem « Chameleon ». Salivarová wytoczyła proces MSW, jednak później sama przyznała: « w 1958 roku podpisałam obietnicę lojalności, gdyż chciałam to jakoś odszwejkować ». 5 stycznia 1994 rok sąd rozstrzygnął, że ministerstwo nie przedstawiło dowodów zachowania się Salivarovej jako agentki, zaś własnoręcznie podpisany dokument ewidencyjny nie oznacza zachowywania się danej osoby (TW) jak agenta. Ministerstwo obciążono spłatą kosztów postępowania i nakazano mu likwidację materiałów świadczące o współpracy Salivarovej z bezpieką, co znajduje się w sprzeczności z pierwszym twierdzeniem sądu, iż takiej współpracy nie było, gdyż nie ma na nią dowodów. Cóż więc ma zniszczyć ministerstwo. Decyzja sądu wykraczała poza przepisy ustawy lustracyjnej, ponieważ zobowiązywała MSW do stwierdzenia czy dana osoba znajduje się w rejestrach agentów i funkcjonariuszy StB, a nie do oceny jej działalności, a zwłaszcza stopnia agenturalności. Na takie postępowanie sądu wpłynął niewątpliwie fakt, iż Salivarová była znaną dysydentką. Inny charakter miała sprawa Vlastislava Chalupy, wiceprzewodniczącego amerykańskiej Czechosłowackiej Rady Narodowej, a w 1945 roku szefa narodowych socjalistów w Brnie. Pod koniec 1947 roku w Pradze 28 letni wówczas Chalupa zgodził się pomóc bezpiece w « budowaniu socjalizmu czeską drogą ». Od 7 kwietnia 1948 roku Chalupa we współpracy z bezpieką wydawał podziemne pismo « Plamen », drukowane przez StB. Chalupa, występując jako major Král i mieszkając przez rok w willi StB, kierował podziemnymi grupami oporu. Od StB otrzymał zadanie « zjednoczenia ruch opporu » pod własnym (StB) kierownictwem. Akcja ta nosiła kryptonim « Skaut ». Chalupa, występując jako szef "nielegalnej" Partii Pracy, słał też na Zachód, po zaakceptowaniu przez StB, raporty o sytuacji w kraju. Bezpieka zastrzeliła dwie osoby, by prawdziwa rola Chalupy nie wyszła na jaw. Dzięki jego informacjom policja uzyskała kontakty na 24 grupy, które zlikwidowała, aresztowano minimum 200 osób. Niektórzy z aresztowanych przesiedzieli w więzieniach po 16 lat Bezpieka pozwoliła Chalupie na zorganizowanie przerzutu na Zachód, pod własnym nadzorem, wielu osób, m.in. Mojmíra Povolnego, gdyż Chalupa obiecał stworzyć z nich na emigracji organizację kierującą wszystkimi ugrupowaniami antykomnistycznymi, co pozwoliłoby StB kontrolować wszyskie akcje wychodźctwa. W rzeczywistości Mojmír Povolny został przewodniczącym Czechosłowackiej Rady Narodowej w USA. 3 września 1949 roku w Paryżu Chalupa jako "ofensywny agent" o pseudonimie « Maison » został przerzucony do Francji. W 1951 roku Chalupa zagrożony aresztowanie uciekł do USA, gdzie działał pod pseudonimem « Direktor » do 1956 roku. W 1958 roku, gdy dla samej StB nie był już intersujący, ostatecznie zerwał współpracę. W 1990 roku Chalupa-Maison-Direktor powrócił do Brna, gdzie założył Międzynarodowy Instytut Politologiczny, przygotowywał się do zbierania zaszczytów i odegrania jeszcze roli politycznej. 3 października 1994 roku odtajniono dokumenty w sprawie Chalupy i jego kariera ostatezcnie zakończyła się. Sam « Maison » tłumaczył się, że to ubecy i komunistyczni dysydenci współpracowali z nim, a nie on z nimi. W związku z lustracją doszło do procesu przeciwko prezydentowi Havlowi, zaciętemu przeciwnikowi ujawniania wobec opinii publicznej kompromitującej przeszłości polityków wywodzących się z dawnej opozycji. Antykomuniści zaraz po uchwaleniu ustawy lustracyjnej podjęli walkę o opublikowanie pełnych list agentów StB. « Rudé kravo » (Czerwona krowa), redagowane przez Petera Cibulkę wydrukowało zrekonstruowaną listę znajdującą się na dyskietce MSW, której kopia dotarła do redakcji (5.06.1993). Program, w którym sporządzona była lista, musiał jednak zawierać jakiś błąd lub hamulec, gdyż co kilkanaście pozycji omijał w czasie druku jedno nazwisko. Później Stanislav Deváty potwierdził, że wykazy opublikowane w « Rudé kravo » nie są pełne: "wszyscy wiemy, że tam nie ma wszystkich, że są wyselekcjonowani, że tam po prostu niektórych ludzi brakuje", ponieważ niektóre osoby fugurujące w rejestrze nie pojawiły się tam (23.03.1994). Kontynuacją « Czerwonej krowy » były « Necenzurované noviny ». Ich redaktorzy: Peter Cibulka i Lubosz Vydra wytoczyli proces Havlowi, żądając przeprosin za jego wypowiedź dla « Gazety Wyborczej »: "opublikowanie listy współpracowników StB spowodowoło wiele tragedii; a były też przypadki dzieci, które popełniły samobójstwo, ponieważ ich ojcowie znaleźli się na listach opublikowanych w piśmie « Rudé kravo ». Gdy doszło do procesu (14.12.1993), Havel nie potrafił przytoczyć konkretnych przykładów, ale mówił o « tragediach osobistych », na co Cibulka wykrzyknął: "Vaszku jsi prase, jsi hovado" (Waszku jesteś świnią i gównem)!. Cibulka oskarżył też sędziego o stronniczość na korzyść Havla. Sprawę odroczono, a jednocześnie do sądu wyższej instancji skierowano skargę Cibulki na stronniczość sędziny Romany Vostrejszovej, a przeciwko samemu Cibulce sąd wytoczył sprawę o zniesławienie prezydenta. 11 marca 1994 sąd odrzucił skargę na sędzinę Romanę Vostrejszovą i skazał Cibulkę na grzywnę 10 tys. koron za obrazę prezydenta. 17 maja Vostrejszová odrzuciła skargę Cibulki przeciw Havlowi. Walka o przedłużenie ustawy lustracyjnej toczyła się cztery lata. ODS zajmowała początkowo chwiejne stanowisko w tej sprawie, choć pod naciskiem organizacji lokalnych, gdzie dążenia dekomunizacyjne były silniejsze, opowiedziała się za przedłużeniem lustracji. Już na zjeździe w 1991 roku ODS zdecydowała, że zwykłe członkostwo w KSCz nie jest przeszkodą w członkostwie w ODS. Kiedy jednak praska organizacja ODS (18.11.1995) postanowiła, że byli członkowie partii komunistycznej nie będą na jej liście kandydatów, Ruml potępił tę decyzję jako "dyskryminujcą i niemoralną". W 1994 roku ODS w Ostrawie postanowiła nawet ewidencjonować przedsiębiorstwa należące do Funduszu Majątku Nardowego - FNM, w których komuniści wrócili do zarządów. W czasie dyskusji poprzedzających przedłużenie lustracji ODS domagała się wprowadzenia kar za niedotrzymywanie ustawy lustracyjnej. Minister Ruml poparł to rozwiązanie i zaproponował grzywny w wysokońci 50 tys. koron. W końcu 12 lipca 1995 roku rząd przyjął projekt przedłużenia ustawy na dwa lata, ale później koalicja wymogła przesunięcie tej daty na rok 2000. 28 września 1995 roku, na propozycję 65 posłów ODS, parlament 141 głosami przedłużył ustawę lustracyjną. Wówczas 12 posłów CzSSD poprosiło Havla o jej zawetowanie, co Grebeniczek określił jako "krok właściwy". Hana Marvanova (ODS) zapowiedziała, iż cały proces lustracyjny może zakończyć dopiero otwarcie teczek. Havel zawetował ustawę, nazywając ją "bezsensowną, poniżającą i obrażającą" (6.10.1995), innego zdania była jednak reprezentacja narodu, gdyż w Izbie Ludowej za dwoma częściami legislacji głosowało odpowiednio 127 i 128 spośród 179 obecnych posłów, tj. 64% wobec wymaganych 50% plus 1 głos (18.10.1995). Przeciwko vetu prezydeta głosowała koalicja rządowa, republikanie Sládka, LSNS, większość posłów niezależnych i większość CzMUS, natomiast przeciw był Lewy Blok, KSCzM i CzSSD (z wyjątkiem jednego posła), czyli lewica i postkomuniści. Premier Klaus szczerze wyjaśnił swoje stanowisko: "chociaż nie walczyłem zbyt uporczywie o tę ustawę... Muszę reprezentować opinię większości społeczeństwa, która powiada, że ustawa lustracyjna ma nadal znaczenie" (7.10.1995).
Walka o udostępnienie obywatelom archiwów StB zakończyła się również sukcesem. Jan Frolik oceniał w listopadzie 1993 roku koszt operacji na 130-150 mln koron, a okres przygotowawczy potrzebny na udostępnienie archiwum na dwa i pół roku. Na początku marca 1994 roku MSW przedstawiło projekt ustawy o udostępnieniu archiwów StB. Przewidywał przyznanie osobom, na które prowadzono teczki, prawo do ich przejrzenia i skopiowania. Istniały jednak dwa punkty sporne: czy współpracownikom StB przyznać takie samo prawo czy też go odmówić i czy zamazywać nazwiska agentów i donosiciel czy też je pozostawić bez zmian. Projekt przedkładał oba warianty do decyzji parlamentu. Ruml wypowiedział się prywatnie za niezamazywaniem nazwisk agentów i udostępnieniem im własnych teczek. Spodziewano się, że ustawa zostanie wprowadzona w życie od 1 stycznia 1995 roku, ale dopiero 13 grudnia tego roku rząd zaakceptował ustawę o otwarciu teczek. Każdy obywatel lub były obywatel będzie mógł w ciągu 6 miesięcy od dnia wejścia ustawy w życie zwrócić się z pytaniem czy StB prowadziła jego dossier. Następnie będzie mógł zaznajomić się ze swoją teczką i uzyskać jej kopię. Zamazane będą dane dotyczące: prywatnego życia rodzinnego, stosunku do religii, zdrowia, własności itp osób trzecich, tj. ani donosicieli ani zwracających się o udostępnienie teczki. Na prośbę ujawniać się będzie nazwisko oficera StB, który zajmował się daną osobą. Powołany zostanie 80 osobowy departament do kopiowania i przygotowywania teczek, których 60 tys. znajduje się na mikrofiszach. Prezydent Havel oświadczył, że nie zajrzy do swej teczki ale poparł projekt (17.12.1995). Ustawa o udostępnianiu archiwów StB została przyjęta na ostatniej przedwyborczej sesji Izby Ludowej (kwiecień 1996) i wejdzie w życie 1 grudnia 1996 roku pozostając w mocy do 30 czerwca roku 2000. Jeszcze we wrześniu 1990 roku Bratinka złożył projekt uchwały o ocenie okresu komunizmu. 13 listopada 1991 roku Zgromadzenie Federalne uchwaliło ustawę o okresie niewoli, stwierdzającą, iż reżim komunistyczny w latach 1948-1989 naruszał prawa człowieka i własne ustawy, ale akty prawne przyjęte w tym okresie mogą być anulowane tylko na podstawie osobnych ustaw. Takie załatwienie kwestii bezprawności okresu komunistycznego nie mogło nikogo zadowolić, tym bardziej, że od czasu do czasu stawiano wnioski o delegalizację partii komunistycznej. Chodziło też o pełną rehabilitację trzeciego ruchu oporu - trzetí odboj, skierowanego przeciwko komunizmowi (pierwszy ruch oporu walczył z Austrią w czasie I wojny światowej, drugi z Niemcami podczas II wojny światowej). Prawica podkreślała, że między komunizmem i faszyzmem nie ma różnicy z punktu widzenia praw człowieka. Od marca 1993 roku przekładano dyskusję nad ustawą o trzecim ruchu oporu. Na wniosek ODS termin « odboj » - ruch oporu również w sensie walki zbrojnej, zamieniono na « odpor » - opór, sprzeciw. W końcu maja 97 posłów koalicji rządowej złożyło projekt ustawy o nielegalności reżimu komunistycznego i oporowi przeciwko niemu. 9 lipca ustawę uchwalono 129 głosami przeciwko 34 (Lewy Blok), przy trzech głosach wstrzymujących się; 4 obecnych posłów HSDMS nie głosowało, a 30 deputowanych nie przyszło na salę obrad. Ustawa, która weszła w życie 1 sierpnia, stwierdza, że « KSCz, jej kierownictwo i członkowie ponoszą odpowiedzialność za sposób sprawowania władzy w kraju w latach 1948-1989, a zwłaszcza za programowe niszczenie tradycyjnych wartości cywilizacji europejskiej, za świadome łamanie praw człowieka i wolności, za moralny i gospodarczy upadek, któremu towarzyszyły przestępstwa sądowe i terror przeciwko zwolennikom odmiennych poglądów, zastąpienie istniejącej gospodarki rynkowej przez gospodarkę nakazową, zniszczenie tradycyjnych zasad prawa własności, nadużycie wychowania, wykształcenia, wiedzy i kultury dla celów politycznych i ideologicznych oraz bezwzględne niszczenie przyrody ». (...) « Reżym [oparty] na ideologii komunistycznej ... był przestępczy, nielegalny i godny pogardy », podobnie « Komunistyczna Partia Czechosłowacji była organizacją przestępczą i godną pogardy ». Dlatego sprzeciw wobec tego ustroju był legalny, sprawiedliwy, godny szacunku i polecenia, jeśli u jego podłoża leżały przekonania demokratyczne natury politycznej, religijnej lub etycznej. Ustawa oddaje sprawiedliwość prześladowanym, o ile oni sami nie brali udziału w prześladowaniu współobywateli. Sądy powszechne będą badały stare wyroki sądów komunistycznych, które nie były dotychczas rozpatrywane na podstawie poprzednich przepisów rehabilitacyjnych, co umożliwić powinno anulowanie lub zredukowanie wyroków dotyczących osób czynnie atakujących przedstawicieli partii lub aparatu państwowego. Przestępstwa popełnione z powodów politycznych między 25 lutego 1948 a 29 grudnia 1989, których nie można było ścigać, nie ulęgają przedawnieniu. Minister Sprawiedliwości Jirzí Novak (ODS) zapewnił, że sprawcy czynów kryminalnych dokonywanych w imię ideologii komunistycznej będą ścigani na podstawie ustawy. Lewica zarzucała ustawie, że nie respektuje zasady państwa prawa i dzieli obywateli na dwie kategorie: lepszych i gorszych, zaś odpowiedzialność za okres komunizmu ponoszą mocarstwa, które po II wojnie światowej wtłoczyły kraj do sowieckiej strefy wpływów i Układu Warszawskiego. Odpowiedzialny za komunizm jest w praktyce każdy, np. bezpartyjny obywatel chodzący na pochody i sędzia ferujący wyroki w sprawach politycznych, najlepiej więc nie piętnować nikogo. Dlatego 41 posłów zaskarżyło ustawę przed Sądem Konstytucyjnym. Rozumowanie to odrzuciła nie tylko prawica; Pavel Tigrid, późniejszy minister kultury z ramienia ludowców, ostrzegał, że naród nie może stracić pamięci historycznej, do czego prowadziłoby oddzielenie komunizmu grubą kreską. Zanim 15 lutego 1990 roku zlikwidowano organy StB, komisje obywatelskie złożone z przedstawicieli Forum Obywatelskiego i MSW przeprowadzały weryfikację jej funkcjonariuszy. Jak oświadczył minister Ruml (24.09.1994), od 1 stycznia 1990 roku zwolniono ze służby 7590 funkcjonariuszy StB. 39% obecnych pracowników MSW zostało przyjętych do służby po 1 stycznia 1990 roku; na kierunku bezpieczeństwa MSW nowi funkcjonariusze stanowią 47%, a w Prezydium Policji - 78%, na stanowiskach kierowniczych w ministerstwie i w policji zmieniono wszystkie osoby. 31 sierpnia 1994 roku tylko 1,8% pracowników MSW pochodziło z dawnej StB. Na przykład w południowoczeskiej policji poddano weryfikowacji 350 funkcjonariuszy StB. Komisje weryfikacyjne i obywatelskie nie przepuściły połowy z nich, a większość z pozostałych sama odeszła. Mała ustawa lustracyjna dotycząca członków Policji Republiki Czeskiej dała więcej możliwości przyznawania ministerialnych wyjątków ale nie podano ani jednej prośby. W lutym 1994 roku spośród byłych funkcjonariuszy StB pracowało tu jeszcze 40 osób, wyłącznie przy utrzymaniu porządku publicznego, w transporcie i kryminalistyce.
Po rozpadzie Czechosłowacji czeska część Federalnej Służby Bezpieczeństwa i Informacji (cywilny kontrwywiad krajowy) - FBIS utworzyła Służbę Bezpieczeństwa i Informacji - BIS. Ustawa dotycząca zasad funkcjonowania BIS ważna była tylko do 31 grudnia 1993 roku i należało przyjąć w tym czasie koncepcję i ustawy w sprawie czeskich służb specjalnych. Jesienią 1993 roku w rządowej Radzie do spraw koordynacji służb wywiadowczych ścierały się dwie koncepcje; według BIS powinny istnieć tylko dwie służby specjalne: cywilna i wojskowa, natomiast Urząd do spraw Informacji i Kontaktów Zagranicznych proponował utworzenie służby wewnętrznej i zewnętrznej z pozostawieniem wojsku badań taktyczno-operacyjnych w 200 kilometrowym pasie przygranicznym. BIS chciał więc połączenia się z Urzędem. tj. kontrwywiadu wenętrznego z wywiadem. Po sprawie Wallisa (patrz niżej) i odkryciu podsłuchu w ministerstwie sprawiedliwości w październiku 1993 roku, rząd przedstawił projekt ustawy o czterech służbach: Służba Bezpieczeństwa i Informacji - BIS podlegałaby rządowi, Urząd do spraw Informacji i Kontaktów Zagranicznych czyli wywiad podporządkowano by MSW, zaś MON dysponowałby Wojskową Służbą Wywiadowczą i kontrwywiadem czyli Wojskowym Wywiadem Obronnym. Prezydent wydawałby im polecenia za pośrednictwem premiera. Gdy 31 grudnia 1993 roku ustała ważność ustawy o BIS, rząd przedłużył ją do 31 lipca 1994 roku. W czerwcu rząd przedstawił projekt ustawy o BIS i tajnych służbach, w której proponowano by kontrolował je rząd, a nie parlament. Wszystkie cztery służby składać będą roczny raport ze swej działalności radzie ministrów i prezydentowi, a parlament będzie o nim informowany przez rząd. ODA wolała żeby tajne służby kontrolował parlament, ale jej propozacja została odrzucona, gdyż ODS argumentowało, iż rząd kontrolujący służby sam już jest kontrolowany przez parlament. Wprowadzano kontrolną komisję parlamentarną, ale przewidziano, iż będzie ona miała dostęp tylko do spraw zamkniętych. Premier będzie z urzędu przewodniczącym Rady do spraw koordynacji tajnych służb; premier i prezydent wyznaczają im cele działalności. 7 lipca przyjęto ustawę o BIS i tajnych służbach (nr 154), przy czym posłowie Lewego Bloku nie wzięli udziału w głosowaniu. W tajnym głosowaniu Izba Ludowa wybrała (8.07.1993) siedmiososbową komisję kontrolną w składzie: Vlastimil Doubrava (bezpartyjny, były czł. CzSSD), Jan Klas (ODS), Tomasz Svoboda (KDS), Ivan Maszek (ODA), Pavel Severa (ludowiec), Pavel Kuliczka (LSNS) i Jrzí Macháczek (CzMUS).
Nowa ustawa weszła w życie 1 sierpnia, ale nie uchwalono ustaw o pozostałych służbach specjalnych. Zgodnie z uchwałą parlamentu z lipca 1994 roku miano przygotować osobną ustawę o sposobie w jaki parlament będzie kontrolował razem z rządem tajne służby, ale projekt nie został nigdy przesłany do parlamentu. Zwolennikami uchwalenia takiej ustawy byli ODA i Lewy Blok. Stosunek opozycji do MSW, działalność BIS i problem kontroli tajnych służb były przyczyną kilku istotnych konfliktów, również wewnątrz prawicowej koalicji rządowej. 24 lutego 1994 roku obradowała komisja bezpieczeństwa CzSSD, w składzie Jaroslav Baszta, były szef Służby Bezpieczeństwa i Informacji - BIS, Stanislav Gross oraz byli szefowie inspekcji MSW: Boris Szefl, Josef Kolaja i Mikulasz Tomin. Do prasy przedostały się zapis z posiedzenia komisji, który ze względu na swoją treść wywołał skandal. Socjaldemokraci mieli starać się "wywołać negatywny stosunek opinii publicznej do MSW" i policji oraz spowodować destabilizację sytuacji, po czym zaproponować nowe rozwiązania, przy czym "pierwszym krokiem wiodącym do naprawy byłoby odwołanie ministra Rumla". Przewod komisji bezpieczeństwa CzSSD, Jaroslav Baszta zdystansował się od zapisu z jej posiedzenia i oskarżył BIS o sfałszowanie dokumentu. Sprawa ostatecznie nigdy nie została wyjaśniona, ale Milosz Zemana nadal toczył regularną wojnę z Rumlem i MSW; stale żądał odwołania ministra, oskarżał policję o rozkład i domagał się przeszkształcenia jej w niezależną organizacją budżetową podlegającą MSW tylko w sferze metodyki i kontroli (7.11.1994).
W liście do prezydenta z 5 stycznia 1995 roku Klaus stwierdził, iż nie ma potrzeby uchwalania ustawy o parlamentarnej kontroli tajnych służb, ponieważ obecna siedmioosobowa komisja kontrolna utworzona na podstawie ustawy o BIS jest wystarczająca. W miesiąc po wybuchu afery Moravca (patrz niżej), 13 stycznia 1995 roku, przewodniczący ODA, Jan Kalvoda oskarżył BIS o śledzenie partii politycznych i zbieranie o nich informacji. Zarzuty Kalvody poparł Lux, ale 19 stycznia ludowcy zaczęli się już wycofywać. 18 stycznia Havel, po spotkaniu z szefem BIS Devátym, powiedział, że oskarżenie trzeba brać na poważnie i zbadać je muszą komisje parlamentarna i rządowa. Wiceprzewodniczący KDS, Benda określił natomiast "postępek ODA jako wrogi i nieodpowiedni".
Na spotkaniu z parlamentarną komisją kontroli BIS Kalvoda przytoczył cztery przykłady na potwierdzenie swych zarzutów (17.01.1995):
- policja kryminalna i BIS przygotowały listę ugrupowań i partii skrajnych;
- w sprawie Moravca celowano w ODA;
- przez przecieki informacji z BIS wpływać na opinię publiczną; - bez zezwolenia rządu BIS kontaktował się z innymi służbami. Krytycy Kalvody przypomnieli jednak, że gdy w grudniu BIS przygotował dla rządu raport dotyczący republikanów Sládka szef ODA nie protestował. Tłumaczono też, że 1992 roku BIS sprawdzał firmy biorące udział w przetargu na kupno byłego poligonu sowieckiego w Ralsku i wówczas zajął się Moravcem. Parlamentarna komisja kontroli BIS nie znalazła nic na poparcie zarzutów Kalvody i konflikt nie zakończył się ani dymisją Devátego ani upadkiem Kalvody. 18 stycznia powołano komisję rządową w składzie: Frantiszek Benda (KDS), Vilem Holᥠ(CzSL-KDU), Igor Niemec (ODS) i Jirzí Skalicky (ODA). Miała ona większe uprawnienia niż siedmioosobowa parlamentarna komisja kontroli BIS, gdyż dopuszczono ją do spraw w toku. W lipcu 1995 roku Kalvoda przypomniał, że sprawa oskarżenia BIS o szpiegowanie partii politycznych nie została zakończona. Rząd powinien zareagować na parlamentarną rezolucję stwierdzającą, że kontrola rządu nad BIS jest niewystarczająca, a nawet zerowa; tylko ustawa o kontroli tajnych służb może zakończyć ten skandal. Kalvoda i Havel stwierdzili, iż skandal ten nie został zbadany, natmiast Igor Niemec (ODS) uznał sprawę za zamknięta, gdyż oskarżenia okazały się zbyt ogólnikowe. ODA i ludowcy nie uczestniczyli w pracach komisji z własnej woli. 31 stycznia 1996 roku rząd (ODS) odrzucił projekt ustawy o kontroli BIS przygotowany przez ODA, która chciała przenieść prawo kontroli od rządu do parlamentu. ODA w swym projekcie proponowała utworzenie: - trzyosobowej rady kontrolnej składającej się nie tylko z posłów, - komisji nadzorczej składającej się wyłącznie z członków parlamentu Do rządu należałaby tylko kontrola techniczna BIS.
Ustawa według rządu naruszyłaby równowagę między trzema władzami, gdyż rząd ma wyłączność władzy wykonawczej, zaś podporządkowanie BIS parlamentowi naruszyłoby tę zasadę, zablokowałoby system i umożliwiło przecieki.
Konflikt w sprawie kontroli nad służbami specjalnymi nie został rozwiązany postanowiono więc, że sprawą BIS zajmie się nowy rząd o wyborach.
6 lutego 1996 roku « Mlada Fronta dnes » przytoczyła fragment raportu BIS o działalności służb rosyjskich w Czechach w okresie przedwyborczym. Rosjanie mieli starać się wpłynąć na wynik wyborów i na czeską scenę polityczną. Zeman zażądał od szefa BIS, Devátego dowiedzenia zarzutów lub ustąpienia i twierdził, iż raport BIS zaszkodził stosunkom politycznym i gospodarczym z Rosją (9.02). Deváty jednak odmówił ustosunkowania się to całej sprawy, zasłaniając się tajemnicą państwową (22.02).
Tymczasem minister Ruml powiadomił, iż w ciągu ubiegłych 3 lat BIS przestał monitorować działalność służb specjalnych Niemiec, USA, Anglii i Francji na swym terytorium, "ponieważ cywilny kontrwywiad blisko współpracuje z niektórymi zachodnimi tajnymi służbami, nie można więc monitorować ich w tym samym czasie. Nie mogę widzieć w tym żadnego niebezpieczeństwa, ponieważ BIS wie o nich i zna ich aggentów" (24.04.1996).
Przez długi czas prywatyzacja sektora energetycznego stanowiła przedmiot sporu politycznego, którego stawką było bezpieczeństwo kraju.
Zwolennicy czeskiej drogi prywatyzacji przemysłu petrochemicznego i rafinerii, w tym minister Dlouhy, chcieli oprzeć się na kapitale rodzimym, tzn. w praktyce na spółkach byłych czerwonych dyrektorów. Przeciwnicy tej koncepcji, np ODA, twierdzili, że należy oprzeć się na kapitale zagranicznym, co pozwoli zerwać lub nie dopuścić do popadnięcia w zależności od Rosji w dziedzinie energetyki. Minister Ruml wypowiedział się przeciwko czeskiej drodze ale Klaus odrzucił jego raport.
Do udziału w prywatyzacji konkurowały ze sobą dwie firmy: czeski Chemapol i założone w tym celu w 1991 roku międzynarodowe konsorcjum International Oil Companies - IOC, w skład którego weszły: włoski Agip, Total, Shell, Royal Dutch, Dupont i amerykański Conoco.
Przed Listopadem Chemapol był centralą handlu zagranicznego. Jego założycielami i właścicielami było 105 producentów produktów naftowych, których wyroby Chemopetrol sprzedawał za granicę. 15% akcji Chemapolu trafiło do pracowników, ale większość udziałów w Chemapolu wykupił sam Chemapol tj. jego kierownictwo. Chemapol założył bowiem dwa fundusze inwestycyjne: Expandia i Chemafond, które wykupywały akcje Chemapolu przekazane do kuponówki. Chemapol kupował też swoje akcje od Funduszu Majątku Narodowego. Nie dość na tym, gdyż Chemapol zaczął wykupywać swoich właścicieli, tj. udziały w firmach, które go założyły i posiadały jego akcje. Dzięki tej operacji Chemapol, obecnie spółka prywatna (od 4.06.1994), stał się nie tylko firmą niezależną ale zaczął kontrolować coraz więcej spółek pracujących w sektorze energetycznym i dążył do pozycji monopolisty. Na przykład Chemapol kupił za 950 mln koron 52% akcji Koramo Kolin (największy producent smarów, parafiny, tłuszczy), jednego z właścicieli Chemopetrolu.
Najpierw ministerstwo przemysłu nie chciało objąć Chemapolu ustawą lustracyjną, a wkrótce, już jako spółka prywatna, nie podlegał on ustawie lustracyjnej. Tymczasem wyszło na jaw, że Václav Junek, dyrektor generalny Chemapolu i czołowy obrońca czeskiej drogi restrukturalizacji przemysłu rafinerijnego i petrochemicznego, był w latach 1980-1991 agentem wywiadu (I Zarząd), zanim wszedł do do KC Adamca. Następnie okazało się, iż w dyrekcji Chemapolu jest co najmniej dwu byłych agentów StB (10.07.1993).
Zaczęto obawiać się, że dotychczasowe kierownictwo Chemapolu, dążące do opanowania sektora energetycznego, może być w porozumieniu ze służbami rosyjskimi Na KGB lub mafię wskazywał np. Bohumil Doleżal, były szef doradców premiera Klausa.
W marcu 1992 roku rozpoczęły się negocjacje z IOC, ale w maju 1994 roku jego ofertę odrzucono (IOC proponował 180 mln za 49% akcji i obiecał zainwestować 520 mln dolarów), choć negocjacje toczyły się nadal. Miano połączyć dwie rafinerie: Chemopetrol Litvínov i Kauczuk Kralupy i sprzedać 49% ich akcji konsorcjum.
Tymczasem 1 sierpnia 1994 Chemapol przekształcił się w holding Chemapol Group. Szef Chemopetrolu Litvínov twierdził, że obcy kapitał nie jest konieczny dla modernizacji rafinerii. Zwolennicy czeskiej drogi proponowali, żeby restrukturalizację finansował Unipetrol, przyszły holding czeskich spółek (1995).
28 czerwca 1995 roku rząd, działającego pod silnym naciskiem opinii publicznej, postanowił jednak, że zawrze kontrakt prywatyzacyjny z IOC; konsorcjum zapłaci 173 mln dolarów za 49% akcji w rafineriach Kralupy i Litvínov oraz w ciągu 5 lat zainwestuje 480 mln dolarów.
11 lipca 1995 roku minister Dlouhy, który musiał podporządkować się decyzji rządu, przekonał zarząd rafinerii do kontraktu z IOC. W styczeniu 1996 roku Dlouhy został szefem rady nadzorczej Unipetrolu, zapewniając w ten sposób kontrolę rządu nad zwolennikami czeskiej drogi.
Jako efekt uboczny sporu o Chemapol, ze stanowiska redaktor naczelny dziennika "Telegraf" zwolniony został Pavel Szafr. Pod jego kierownictwem organ ODS publikował informacje na temat Junka i Chemapolu. Afera Wallis kazała zastanowić się nad rolą byłych tajnych służb komunistycznych w czeskiej prywatyzacji kuponowej. Historia jest długa i pouczająca Po rewolucji Viktor Kożeny powrócił z Wielkiej Brytanii do Czechosłowacji, skąd wyemigrował z rodziacami jako dziecko, z 3 tys. dolarów w kieszeni. W tym czasie byli funkcjonariusze StB, którzy pracowali poprzednio na Zachodzie, założyli firmę konsultacyjną Harvard Capital and Consulting i potrzebowali kogoś « czystego » na figuranta. Wybór padł na Kożenego ale prawdziwym szefem firmy był Boris Vostry, były zastępca naczelnika wydziału technicznego StB. Za "knsultacje" jego firmie płaciły duże sumy przedsiębiorstwa państwowe przed prywatyzacją kierowane przez byłych agentów i kumpli Vostrego. Ivan Kralik od 1980 roku był szefem komitetu legislacyjnego kancekarii prezydenta republiki. Rzecz jasna prezydent Havel nie pozbył się « fachowca », gdy nie wolno « urządzać polowań na czarownice ». Po roku Kralik miał już intratniejsze zajęcie na widoku i 31 stycznia 1991 roku sam odszedł z kancelarii prezydenstkiej. Od 16 października 1990 roku był bowiem członkiem dyrekcji Harvard Capital and Consulting i był jednym z założyciele Harvardskich Funduszy Inwestycyjnych, na czele których oficjalnie stał, a przynajmniej tak twierdził, Viktor Kożeny. To on rozwijał działalność propagandową w roli wychowanego na Zachodze menedżera. Fundusze Harvardzkie zebrały 800 tys. książeczek inwestycyjnych obiecując ich właścicielom wypłatę po roku dywidendy w wysokości 10 tys. koron za książeczkę (patrz: Transformacja gospodarcza). Nie trzeba zapominać, że Kralik w kancelarii prezydenta miał dostęp do przygotowywanych ustaw i informacji o prywatyzacji kuponowej, które dzięki prezydentowi Havlowi mógł następnie wykorzystywać w swoim właściwym miejscu pracy. O tym, że Kożeny był jedynie figurantem świadczy fakt, że gdy 16 października 1990 roku przedstawiciele starej nomenklatury zakładali Harvard Capital and Consulting (późniejszego założyciela Harvardzkich Funduszy Inwestycyjnych), nie przewidzieli stanowiska przewodniczącego, za którego oficjalnie uchodził Kożeny. W FBIS pracował były funkcjonariusz StB Wallis, który przeszedł weryfikację ale miał być zwolniony z powodu braku kwalifikacji. Wówczas Wallis zaproponował Kożenemu informacje o FBIS. Za materiały FBIS Kożeny zapłacił Wallisowi pół miliona koron, ale przestraszył się i poinformował FBIS, że Wallis go szantażował. Ostatecznie nie wyjaśniono co na prawdę zaszło między Wallisem i Kożenym. W grudniu 1992 roku Wallis został aresztowany i 12 grudnia 1993 roku rozpoczął się jego proces przed sądem wojskowym w Plznie. Kożeny wystąpił na nim jako świadek (13 12 1993). Wallisa oskarżono najpierw o szantaż, ale następnie zmmieniono zarzut na zdradę tajemnicy państwowej i nadużycie władzy urzędnika państwowego. Na skutek akcji Wallisa FBIS musiała wstrzymać 20 i poniechać 3 działania, bowiem FBIS rozpracowywało Harvarda. Wyrok skazujący 37 miesięcy pozbawienia wolności z wymienionych zarzutów zapadł 8 kwietnia 1994 roku. Wallis odwołał się i sąd wyższej instancji obalił wyrok z 8 kwietnia i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia.
W marcu 1994 roku również Kożeny miał być objęty oskarżeniem i pozostał wówczas w Szwajcarii, by następnie przenieść się na wyspy Bahama, a później do bliższej Irlandii. Podczas nieobecności Kożenego w kraju zarejestrowano nowy zarząd Harvard Capital and Consulting w składzie: przewodniczący Ivan Kralik i członkowie: Lubomír Pużej, Frantiszek Stehlik, Petra Wendelová i Petr Kolek. Tylko oni mają prawo podpisu, okazało się więc że jest już nikim Kożeny. W związku ze sprawą Wallisa wszczęto sprawę sądową przeciwko Jirzíemu Szetinie, byłemu prokuratorowi generalnemu Republiki Czeskiej Oskarżono go o naruszenie tajemnicy państwowej, zagrożenie gospodarki dewizowej i obrażenie urzędnika państwowego na służbie. Otóż w 1993 roku Szetina poinformował ministra Dlouhego, że BIS podsłuchuje jednego z jego pracowników, niezgodnie z prawem umieścił w banku szwajcarskim czynsz za swoją willę i przy kontroli nawymyślał policjantom od « zasranych komunistów ». Proces. rozpoczął się 22 listopada 1994 roku. Inna afera korupcyjna również wiązała się niejasną rolą byłych agentów StB. 31 października 1994 roku agenci BIS aresztowali Jaroslava Liznera, szefa Centrum Prywatyzacji Kuponowej, po zarzutem przyjęcia łapówka w wysokości 8.334.500 koron za ułatwienie sprzedaży mleczarni Klatovy. Liznera zatrzymano po wyjściu z lokalu, w którym był na kolacji z Karelem Pechem, przedsiębiorcą (były agent StB o pseudonimie Gustav), Luboszem Sotoną z Trans World International i przedstawicielami firmy maklerskiej, która miała kupić akcje dla Sotony. Policjant, który wręczył łapówkę, wystąpił na kolacji jako prawnik Sotony. Pech pełnił rolę koordynatora operacji i 16 grudnia został aresztowany pod zarzutem krzywoprzysięstwa. Sotona był jedynie pośrednikiem spółki PROM, której dłużnikiem była TWI. Właścicielami PROMu są Pavel i Jaroslav Lyer, przed rokiem 1989 odpowiednio wicedyrektor zachodnioczeskich mleczarń i sekretarz wojewódzkiego komitetu partii w Pilznie. Od dawna toczyła się walka o przejęcie Klatova między obecną dyrekcją a starym komunistycznym zarządem.
96% akcji mleczarni Klatovy skierowano do kuponówki. C.S Fundusz, który uzyskał w II etapie kuponówki 20% akcji Klatova, odsprzedał je Sotonie, a teraz chodziło o uzyskanie kontrolnego pakietu akcji. Przed Listopadem Sotona pracował w Przedsiębiorstwie Handlu Zagranicznego Koospol. Od 1987 roku było ono przykrywką dla wywiadu. Jak powiedział minister Ruml dyrekcja Koospolu i komunistyczny wywiad były splecione. Sotona miał też występować w materiałach II Komisji 17 Listopada. 12 września 1995 roku rozpoczął się proces Liznera. Skazany na 6 lat pozbawienia wolności i 1 mln koron grzywny (19.10), były szef Centrum Prywatyzacji Kuponowej bronił się, iż zawarto setki podobnych umów i nie rozumiał dlaczego padło na niego. Sąd nie znalazł odpowiedzi na pytanie czy Lizner przyjął pieniądze dla kogoś czy dla siebie. Tło afery nie zostało też wyjaśnione i sąd nie posunął się poza sprawę łapówkową. Tymczasem pojawiały się informacje, iż za aferą stał pełnomocnik firmy Trans World International, były pracownik MSW i agent StB, który wielokrotnie bywał w Libii. Minister Ruml przypomniał jedynie, że państwo na nie wpływu na zatrudnianie byłych agentów w niepaństwowych firmach. Afery i skandale korupcyjne wybuchły w Czechach z pewnym opóźnieniem w porównaniu z sytuacją w Polsce, ale starano się je raczej wyjaśnić niż zatuszować. Pierwszy największy skandal bankowy po Listopadzie dotyczył Bohemia. Od maja 1994 roku trwają poszukiwania w celu aresztowania wicedyrektora Banku, Jirzíego Czadka, w latach 1976-1990 podpułkownika StB. Według projektu Czadka Bohemia gwarantowała pożyczki udzielane zagranicę do wysokości kilkuset milionów dolarów. W sumie bank udzielił gwarancji na 1,2 mld dolarów przy własnym kapitale zakładowym 24 mln. 15% majątku Bohemii należało do firmy Czadka, którą sprzedał za 120 mln koron spółce FINOP, już wcześniej posiadającej 31% akcji Bohemii (stan z kwietnia 1994). Przestępstwo polegało na wydawaniu gwarancji zagranicą bez zgody Czeskiego Banku Narodowego oraz handlu owymi nielegalnymi gwarancjami. Za trzy gwarancje o wartości 13,2 mln dolarów każda kupiec zapłacił grupie reprezentowanej przez Czadka 8 mln. CZledztwo zamknięto w końcu 1994 roku. Drugim największym skandalem bankowy po Listopadzie była sprawa Antonína Moravca, ukrywającego się właściciela i dyrektora Banku Kredytowo-Przemysłowego, aresztowanego 16 grudnia 1994 roku i zagrożonego wyrokiem do 12 lat pozbawienia wolności. 13 grudnia aresztowano trzy inne, a w marcu 1995 roku jeszcze dwie osoby. Bank Kredytowo-Przemysłowy został założony w marcu 1992 roku bez środków własnych. Do rejestru wpisano BKP z kapitałem 800 mln koron, które Moravec uzyskał drogą pożyczek do końca nigdy nie spłaconych. BKP pożyczył sam od innych instytucji ponad 3 mld koron, które z kolei pożyczał własnym firmom Moravca. Postaje wyjaśnić dlaczago Czechosłowacki Bank Handlowy już w 1992 roku odmówił pożyczenia BKP 375 mln koron, podczas gdy Czeski Bank Narodowy, Bank Komercyjny, Agrobanka, Czeski Bank, Bank Bohemia i Czeska Kasa Oszczędności ochoczo udzieliły mu pożyczek na sumę 2,6 mld koron? Następnie, na fałszywej podstawie, BKP otrzymywał dalsze pożyczki, z których założył dwa fundusze inwestycyjne: FI Północne Czechy i FI Stowarzyszenia Chrześcijańskich Przedsiębiorców o kapitale 0,5 mld koron. Zebrały one punkty inwestycyjne od 20 tysięcy DIKów (właścicieli książeczek). Jesienią 1993 Czeski Bank Narodowy wprowadził przymusowy zarząd w BKP, a pod koniec tego roku sprawa trafiła do sądu. Moravec cieszył się wzięciem politycznym; wybrany go przewodniczącym Stowarzyszenia Chrześcijańskich Przedsiębiorców, a Tomasz Jeżek, w imieniu Funduszu Majątku Narodowego, proponował jego kandydaturę do rady nadzorczej prywatyzowanych zakładów Szkoda PlzeĄ. Afera BKP uzyskała wymiar polityczny, gdy okazało się, że Moravec udzielał pożyczek ludowcom (20 mln koron) i ODA (52 mln koron).
Przed wyborami w 1992 roku ODA zaciągnęła pożyczkę w wysokości 52 mln koron w dwu czeskich bankach, wkrótce jednak spłacił ją BKP Moravca. ODA miała spłacić wierzytelności Moravcowi do 31 grudnia 1996. W grudniu 1992 roku Adolf Klapka, właściciel firmy Marklap zobowiązał się, że zapłaci za ODA 52 mln Bankowi Kredytowo-Przemysłowemu, jeśli ODA nie wywiąże się ze zobowiązań. Marklap w tym momencie podwyższył swój początkowy kapitał ze stu tysięcy koron do 52 mln. Podstawą do tej operacji było oświadczenie notarialne sporządzone przez wiceministra finansów Miroslava Térę (ODA) o wartość zysku z handlu Marklapu (drzewo ukraińskie, kava z Kosta Riki). Téra jako urzędnik państwowy nie miał prawa wystawić takiego zaświadczenia. Na żądanie sądu rejestracyjnego i na podstawie tego zaświadczenia podwyższono wartości Marklapu do 52 mln o tzw. know-how (transkacja barterowa). Następnie Klpaka sprzedał Bankowi Kredytowo-Przemysłowemu firmę Marklap za 52 mln koron, co pokryło dług ODA. Całą operację przeprowadził Michal Macek, prawny reprezentant Marklapu oraz prawny doradca ODA i przyjaciel Kalvody (w okresie sierpień 1992 - marzec 1993 roku pracowali w jednej firmie). Marklap był przedsiębiorstwem fikcyjnym i nie wykazał żadnej działalności handlowej. Mówiąc w skrócie, ODA przyjęła od Moravca łapówkę w wysokości 52 mln koron, ale nie kiwnęła palcem, żeby zatuszować sprawę jego Bank Kredytowo-Przemysłowy. Przynajmniej więc raz politycy oszukali aferzystów, a nie na odwrót. Nie tylko jednak ODA była zamieszana w ciemne interesy; w firmach, funduszach i banku Moravca zajmowali wiele stanowisk wysocy funkcjonariusze partyjni ludowców np do dyrekcji BKP wchodził Josef Svoboda wiceminister kultury, wicedyrektorem BKP i członkiem zarządu obu funduszy inwestycyjnych był Dalibor Sztys, pracownik kierowanego przez Luxa ministerstwa rolnictwa. W 1992 roku kierownictwo CzSL-KDU poleciło pracownikom swoich biur powiatowych pozyskiwanie spośród członków i zwolenników partii akcjonarzy dla dwu funduszy inwestycyjnych Moravca.
Kierownictwo ODA tłumaczyło się później, iż nic nie wiedziało o sposobie likwidacji długu w 1993 roku, ale rzecz jasna nikt nie dał temu wiary. Wśród czwórki najbardziej obciążonych znaleźli się obok Antonína Moravca i Adolfa Klapki, Michal Macek i Josef Reichman, szef sekretariatu ODA, odpowiedzialny za pożyczkę. Agrobanka, obecnie piąta instytucja finansowa kraju, zakończyła rok 1994 startą 3 mld koron. Agrobanka powstała wiosną 1990 roku, gdy nie istniała jeszcze ustawa o bankach i posłużono się przepisami z roku 1949. Jednym z akcjonariuszy zostało wówczas ministerstwo rolnictwa, które wpłaciło 50 mln koron, resztę środków dostarczyły przedsiębiorstwa państwowe. Pierwszy dyrektor Král zasłynął tym, iż chciał przekupić premiera czeskiego Pitharta by uzyskać budynek dla banku. Agrobanka udzielała bezzasadnych pożyczek firmom czerwonej nomenklatury, za co płacił częściowo budżet państwa finansujący bank poprzez ministerstwo rolnictwa. 12 maja 1995 roku rząd przedłożył parlamentowi projekt ustawy o praniu brudnych pieniędzy. Zgodnie z nim instytucje finansowe musiałyby identyfikować wszystkie stron kontraktu (tj. kryjące się za nabywcą i sprzedawcą), jeśli umowa przekracza ponad pół mln koron i wymieniać źródła pieniędzy, jeśli kasyno lub biuro wymiany wypłaca ponad 200 tys. koron oraz informować ministerstwo finansów, jeśli sytuacja byłaby niejasna. Rozliczanie się z prominentami reżymu komunistycznego trwało długo i nie zostało zakończone przed wyborami w 1996 roku.
30 października 1992 roku sąd wojskowy w Taborze skazał za nadużycie władzy byłego szefa MSW Kincla na 3 lata, szefa Zarządu Kontrwywiadu Vykipiela na 3,5 i wiceministra spraw wewnętrznych Lorenca na 4 lata. Sprawa zniszczenia archiwów StB została skierowana do osobnego procesu. Żyjącego na Słowacji Lorenca sądzono zaocznie jako uciekiniera. Nie trafił więc do więzienia. Vykipiel opuścił więzienie 23 listopada 1994 roku.
W marcu 1994 roku sąd w postępowaniu odwoławczym ostatecznie zwolnił Alojza Lorenca od odpowiedzialności za zniszczenie zasobów archiwalnych StB, gdyż nie udało się udowodnić, że był on autorem tej inicjatywy. Odwołanie prokuratora od wyroku odrzucono.
W maju 1993 roku rozpoczą się przed sądem wojskowym w Taborze proces funkcjonariuszy odpowiedzialnych za atak 17 listopada na Národnej trzídie. Sąd skazał Michala Daniszevicza, dowódcę jednostki specjalnej na 3,5 roku, a Bedrzicha Houbala, dowódcę oddziału szkolnego na 3 lata pozbawienia wolności. W 1994 roku sąd II instancji anulował jednak wyrok i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia w I instancji. Nakazano wyjaśnienie dlaczego Daniszevicz był nieobecny w sztabie gdy pułk ruszył do ataku i czy na prawdę pułk ten mu podlegał?
W 1993 roku skazano Zifczáka na 18 miesięcy więzienia za nadużycie władzy.
31 lipca 1994 roku sąd praski drugiej instancji skierował do ponownego rozpatrzenia sprawę Pavla Mlynarzíka, skazanego w 1993 roku na 4 lata pozbawienia wolności. W latach 1970-1975 Mlynarzík opracowywał projekty wysadzenia w powietrze budynku Radia Wolna Europa w Mnachium. W połowie grudnia 1994 roku odstąpiono od ścigania Pavla Mlynarzíka.
W lutym 1993 roku przy Prokuraturze Generalnej założono Centrum Dokumentacji i Badania Przemocy przeciwko Narodowi Czeskiemu w okresie od 8 maja 1945 do 31 grudnia 1989 roku, którego dyrektorem został Jaromír Klimecky. Centrum miało pracować według modelu podobnego ośrodka z Ludwigsburga, badającego od 1958 roku zbrodnie nazistów, zbierać informacje o prześladowaniach i przygotowywać dokumenty do sądu. Wkrótce postanowiono przenieść je do MSW lub ministerstwa spawiedliwości.
Następnie powstały dwie instytucje: w MSW Biuro Dokumentacji i Badania Działalności Bezpieczeństwa Państwa przy Urzędzie Śledczym Policji Republiki Czeskiej (Úrzad dekumentace a vyszetrzování czinnosti Státní bezpecznosti przi Úrzadu vyszetrzování Policie CzR), a przy ministerstwie sprawiedliwości Centrum dokumentacji nielegalności reżymu komunistycznego (Strzedisko pro dokumentaci protipravnosti komunistického reżimu), kierowane przez Lubomíra Blażka.
Zatrudniające 50 osób Centrum Dokumentacji gromadziło dokumenty i prowadziło śledztwa. Do grudnia 1993 roku Centrum ukończyło badanie 30 przypadków, ale prokuraturze przekazało tylko cztery.
Dopiero w sierpniu 1994 roku oskarżono pierwszą osobę o znęcanie się nad więźniami w latach 40-tych i 50-tych. Do końca 1994 roku zbadano 243 przypadki przestępstw popełnionych między 25 lutego 1948 i 29 grudnia 1989 roku; wobec 178 osób wszczęto śledztwo, do września 1994 roku skazano 28 winnych, zaś sprawdź Bićaka przekazano zgodnie z umową na Słowację.
W związku z działalnością Milicji Ludowych 28 grudnia 1994 roku, na dzień przed terminem przedawnienia, oskarżono o nadużycie władzy siedmiu byłych prominentów: dwu - Milosza Jakesza i Karela Hoffmanna - ścigano listem gończym jako uciekinierów, natomiast pozostałej piątce: Lubomírowi Sztrougalowi, Jozefowi Lenártowi, Milanowi Václavíkowi, Josefowi Korczákowi, byłemu funkcjonariuszowi KC i płk. Miroslavowi Novákowi, byłemu szefowi sztabu Milicji Ludowych, pozwy sądowe doręczono oficjalnie. Osoby te w Prezydium KC (Politbiurze) zdecydowały w 1985 roku wbrew ówczesnemu prawu o uzbrojeniu Milicji w działa, granaty i broń maszynową, co zrealizowano w latach 1986-1989.
Jesienią 1994 roku MSW i ministerstwo sprawiedliwości zdecydowały się połączyć Biuro Dokumentacji i Centrum Dokumentacji w jedną instytucję.
W styczniu 1995 roku założono przy MSW Biuro Dokumentacji i Badania Zbrodni Komunizmu, pod kierownictwem Vacláva Bendy. 31 lipca 1995 roku Biuro oskarżyło pierwszą piątkę byłych prominentów: Milosza Jakesza, Lenárta, premiera w latach 1963-1968: Karela Hoffmanna, ministra kultury do 1968 roku, Zbyńka Sojáka i Jana Pillera (zmarł). 2 sierpnia praski prokurator Kredba odrzucił pierwsze pozwy, ponieważ zostały, jego zdaniem, "sformuowane nieprecyzyjnie".
Po odmowie Kredby Benda zwrócił się do Prokuratora Państwowego Libora Grygorka. Prokuratura, ministerstwo sprawiedliwości i MSW poparły jednak Kredbę i podkreśliły, iż "Biuro musi pełnić rolę podporządkowaną w działalności prokuraturze". 14 sierpnia Kredba i Benda po spotkaniu oświadczyli, iż ustalili sprawy prawne i wyjaśnili swoje stanowiska. W dniach 16 - 27 sierpnia poprawione pozwy znów skierowano do prokuratury. 7 sierpnia Mlynárz zarzucił Bendzie, iż nie może zagwarantować obiektywizmu. 20 listopada 1995 roku Vasil Biliak zdementował, informację że jego przesłuchanie w Bratysławie przez czeskich śledczych przyczyniło się do oskarżenia Mlynárza o zdradę, jak to utrzymywał sam Mlynárz zarzucając Biliakowi chęć wywarcia zemsty osobistej. Ostatecznie Mlynárz wyszedł cało z opresji. 7 września 1995 roku Biuro Dokumentacji i Badania Zbrodni Komunizmu przesłuchało Jakesza, który zaprzeczał, iż współpracował z ambasadą sowiecką po inwazji 1968 roku, kiedy ambasador Stepan Czerwonenko formował rząd robotniczo-chłopski. Jakesz był wtedy szefem Centralnej Komisji Kontroli Partyjnej Komunistycznej Partii Czechosłowacji. Benda ujawnił, że po 1992 roku StB przygotowała we współpracy z bratnimi służbami listę 6 tys. osób pochodzenia żydowskiego, za co winni będą ścigani conajmniej za nadużycie władzy (12.07.1995). W styczniu 1996 roku śledczy zaproponował oskarżyć o sabotaż: Hoffmanna, Jana Bokra, Zdeńka Zlabka, Albina Kożucha, Jaroslava Klimę, Stefana Hlubina i Josefa Houska, a w lutym o obalenie republiki: Jakesza, Lenárta i Sojáka. Następnie oskarżono jeszcze o sabotaż Karela Rusova, byłego szef sztabu. 25 kwietnia 1996 roku minister sprawiedliwości Jirzí Novak nie znalazł powodów dla zaproponowania prezydenckiego pardonu dla oskarżonych o zdradę stanu: Milosza Jakesza, Zbyńka Sojaka i Jozefa Lenárta. Minister sprawiedliwości na prośbę prokuratury miał zdecydować czy amnestia prezydencka z 1993 roku dla starych i chorych więźniów dotyczy także ich sprawy. Prokuratura przedstawi więc ministerstwu sprawiedliwości do oceny 10 zarzutów dotyczących 11 osób oskarżonych o zdradę, w tym 3 osoby oskarżone o obalenie republiki i 8 o sabotaż. W 1995 roku parlament pozbawił byłych wojskowych i policjantów z I i II Zarządu SNB, z StB i Zarządu Politycznego wojska specjalnych dodatków do emerytur. Druga akcja Izby Poselskiej już się nie powiodła. 20 kwietnia 1995 roku parlament uchwalił wypłacenie gratyfikacji w wysokości po 100 tys. koron (3300 dol) niektórym weteranom II wojny światowej. Havel zawetował tę decyzję (24.05), gdyż jego zdaniem niesprawiedliwie jest pominięcie w gratyfikacjach weteranów, którzy następnie obalali demokrację w lutym 1948 roku. Stanislav Drobny, przewodniczący Konfederacji Więźniów Politycznych, ostro skrytykował Havla. Parlament nie zdołał już jednak przegłosować prezydenta troszczącego się o sprawiedliwość dla komunistów i ubeków. Upadła też propozycja ludowca Josefa Janeczka, by wziąć pod uwagę rolę jaką weterani odegrali w 1948 roku i wypłacić gratyfikację tylko tym, którzy nie brali udziału w obalaniu demokracji w 1948 roku. Wniosek Lewego Bloku by nagrodzić wszystkich weteranów bez względu na ich późniejszą rolę został również odrzucony