Zwrot majątku kościelnego łączył się z ogólnym problemem restytucji własności stowarzyszeń, organizacji, związków wyznaniowych, gmin itp. Należy zaznaczyć, że w 1947 roku reforma rolna pozbawiła Kościół katolicki znacznej części ziemi, ewentualna restytucja miała więc dotyczyć stanu po parcelacji (po 25 lutego 1948 roku), a zwłaszcza zwrotu nieruchomości i ziemi przejętych przez wojsko i spółdzielnie rolne na początku lat pięćdziesiątych od kasowanych wówczas zakonów.
W maju 1990 roku zwrócono majątek organizacjom sportowym, a w lipcu częściowo przywrócono znacjonalizowaną własność zakonom i kongregacjom i arcybiskupstwu w Ołomuńcu. Ustawa wyliczała dokładnie budynki i ziemię podlegające zwrotowi. W 1990 roku oddano Kościołowi katolickiemu 280 budynków. Kościół pretendował jednak do 220 tys. ha ziemi i wielu budynków, które nie są używane do celów kultowych.
Jeszcze 15 kwietnia 1992 roku Izba Narodów Zgromadzenia Federalnego trzema głosami posłów słowackich odrzuciła ustawę o pełnej restytucji majątku kościelnego i rehabilitacji Kościoła katolickiego. 32 z 48 posłów ODS w Izbie Ludowej głosowało wówczas za ustawą, ale od tego czasu sytuacja uległa zmianie.
W latach 1992-1996 problem restytucji majątku kościelnego pozostał nie rozwiązany, gdyż okazało się, iż odżyła młodczeska tradycja antyklerykalna i konflikt jej spadkobierców z katolikami, reprezentowanymi przez dwie partie katolickie: ludowców i chadeków Bendy.
Koalicja ustaliła, że granicą restytucji dla Kościoła katolickiego będzie data 25 lutego 1948 roku i że zwrot nastąpi tylko w naturze (12.01.1993). W grę wchodziło 2250 budynków, 175 tysięcy ha lasu i 25 tysięcy ha ziemi ornej (tj. 1% ziemi ornej w republice) odebranych na mocy ustawy z 1949 roku. Obecnie większość budynków znajduje się we władaniu gmin.
Ustawa o restytucji stanowiła część pakietu, na który składały się jeszcze trzy ustawy określające status Kościołów w państwie: o podatku dochodowym obywateli uczestniczących w finansowaniu Kościoła, tj. o odliczaniu od podstawy podatku sum ofiarowanych na Kościół, o pozycji Kościołów, tj. o ich oddzieleniu od państwa oraz o pomocy w remoncie pomników kultury pozostających we władaniu Kościołów. Zestaw ten nie został uchwalony, gdyż nie osiągnięto porozumienia w sprawie restytucji, chociaż pozostałe uchwały nie wzbudzały kontrowersji wewnątrz koalicji.
Premier Klaus uważał, iż oddanie Kościołowi ziemi zaszkodziłoby gospodarce znajdującej się w transformacji. ODS sprzeciwiła się więc zwrotowi całego majątku i w połowie marca 1993 roku zaproponowała formułę « wyrównania krzywd » Kościołowi katolickiemu, a nie restytucji, co było nie do przyjęcia dla KDU-CzSL i KDS. 31 maja koalicja dyskutowała nad problemem restytucji i stwierdzono wówczas, że pozostaje on otwarty. Zgodzono się, że co najmniej trzeba zwrócić majątek służący do zadań charytatywnych i innych celów społecznych oraz należy przyjąć pozostałe ustawy pakietu. W czerwcu ODS zgodziła się na restytucję jedynie majątku jeszcze nie sprywatyzowanego, a więc pozostającego w momencie wejścia ustawy w życie we władaniu państwa i gmin, ale za ich zgodą i jeśli nie będzie to szkodziło prywatyzacji (chodzi o majątek zarezerwowany do prywatyzacji), finansowaniu samorządu, interesom strony trzeciej lub zobowiązaniom państwa wobec zagranicy. Ponadto zwrotowi podlegałyby budynki służące do celów charytatywnych i do nabożeństw, a w żadnym przypadku nie restytuowano by lasów. Należy zaznaczyć, że ustawy o wielkiej prywatyzacji (kuponowej) i restytucji ziemi mają blokady i nie dotyczą dawnego mienia kościelnego. W związku z postępem prywatyzacji i restytucji ziemi nie można było już więcej zwlekać z rozstrzygnięciem losu dawnego mienia kościelnego.
Początkowo ODA popierała stanowisko ODS, aby zwrócić tylko majątek związany z funkcjami Kościoła, natomiast dwie partie chadeckie koalicji domagały się restytucji całej własności, w tym służącej również do celów gospodarczych.
Opozycja popierała raczej stanowisko ODS lub w ogóle opowiadała się przeciwko restytucji, jak Lewica Demokratyczna (czerwiec 1993).
Lux argumentował, że Kościół musi posiadać własny majątek, by mógł zachować niezależność od państwa i pełnić swoje funkcje. Partie chadeckie ustąpiły na tyle, że nie żądały już zwrotu całej własności, ale tego co « realne », przy czym problemem pozostawało zdefiniowanie tego terminu. Kościół zapewnił, iż sam zrezygnuje z części swego majątku, ale najpierw musi stać się właścicielem jego całości. Te obietnice jednak nikogo nie przekonały.
ODA uważała, iż w sprawie restytucji, w związku z zaszłymi zmianami, nie można zastosować zasady sprawiedliwości ale regułę złagodzenia krzywd, zwrotowi powinna więc podlegać ta część majątku, która jest Kościołowi potrzebna dla spełniania jego funkcji i dlatego ODA zaproponowała Kościołowi, aby przedstawił listę niezbędnych mu obiektów. W toku sporu ODA zaczęła zbliżać się do partii katolickich i ODS znalazła się w izolacji, ale na zjeździe podtrzymała dawne stanowisko w sprawie restytucji (listopad 1993).
W ODS istnieje skrzydło chrześcijańskie i ateistyczne, lecz może ważniejsze jest, że partia dzieli społeczeństwo na obywatelskie i chrześcijańskie, uznając pierwszeństwo zasady obywatelskiej. Klaus wyraził się, iż to co daje się Kościołowi, zabiera się obywatelom. Każdy zaś jest najpierw obywatelem, a dopiero później może być chrześcijaninem. Partie katolickie bronią natomiast zasady odwrotnej: najpierw jest się chrześcijaninem, potem obywatelem. Klaus nawiązuje do Kościoła Husyckiego i uważa, że Kościół katolicki jest obecnie « niewygody ». Nie trzeba go popierać, gdyż totalitaryzm się skończył i Kościół zaczyna odgrywać rolę nieodpowiednią do swojej pozycji w kraju. W sprawie restytucji, zdaniem premiera, « nie chodzi o ideały i wartości chrześcijańskie, ani o dobro społeczeństwa » ale « wyłącznie i jedynie o majątek i pewne korzyści polityczne i inne, które są z tym związane ». Dlatego Klaus porównał zwrot majątku kościelnego do restytucji mienia towarzystwa turystycznego, co wywołało oburzenie katolików (lipiec 1993).
Stanowisko Klausa poparł Hirsz, stwierdzając, iż LSNS jest bliska reformacji czeskiej i dlatego uważa, że Kościół katolicki nie może mówić w imieniu całego narodu, a więc domagać się pełnej restytucji, która musiałaby odbyć się kosztem również niekatolików. Przeciw restytucją wypowiadała się lewica. CSSD uważała, że zaszkodziłoby to transformacji i otworzyło drogę do restytucji mienia Niemcom. Klaus miał więc w tym wypadku poparcie opozycji dla swojej polityki.
W grudniu 1993 roku ludowcy przygotowali projekt ustawy restytucyjnej, przeidujący zwrócenie Kościołowi obiektów pozostającch w jego posiadaniu do 25 lutego 1948 roku włącznie z ziemią, jeśli stanowiła jedną całość funkcjonalną z nieruchomości (w grę wchodziły ogrody, lasy, stawy rybne i cmentarze). Majątek ruchomy miał być oddany, o ile wiadomo gdzie się znajduje. Kompromis polegałby na wyjściu z restytucji budynków nie służących celom religijnym oraz ziemi ornej. Koalicja ustaliła, iż Kościoły będą od państwa niezależne pod względem gospodarczym i postanowiła określić jakim celom służył kiedyś i obecnie dawny majątek kościelny (17.12.1993).
Również zakres restytucji dzielił koalicję. ODS chciała zakończyć ten proces na zwrocie mienia kościelnego i gmin żydowskich, podczas gdy ludowcy stali na stanowisku, że co zostało ukradzine powinno się oddać i domagali się objęcia restytucjami także emigrantów, osób prawnych złożonych z osób fizycznych, organizacji kulturalnych i charytatywnych oraz spółdzielni gospodarczych i firm rodzinnych.
W styczniu 1994 roku ODS zaproponowała przyjście ustawy określającej jedynie generalne zasady zwrotu majątku kościelnego, natomiast różne instytucje państwowe i kościelne ustalałyby warunki zwrotu konkretnych obiektów, zaś majątek przejęty przez gminy nie podlegałby w ogóle zwrotowi. 28 stycznia 1994 roku partie koalicji obradowały nad kwestią restytucji ale nie były w stanie dojść do porozumienia. Ludowcy zaproponowali projekt ustawy o wyrównaniu krzywd majątkowych Kościoła, który przewidywał tym razem również ograniczony zwrot ziemi, restytucję archiwów, szkół, a nie tylko nieruchomości służących celom kultowym i charytatywnym. KDS i ODA poparły Luxa, ale i tak trzy partie były w mniejszości wobec ODS.
W marcu 1993 roku biskupi oświadczyli, że nie wystarczy zalegalizować społecznej i charytatywnej działalności Kościoła lecz musi on jeszcze dysponować na te cele własnymi środkami. Kościół planował na przykład wynajęcie domów odzyskanych w Pradze i przeznaczenie w ten sposób uzyskanych pieniędzy na akcje społeczne. Biskupi prosili, by przynajmniej ich konsultowano przed podjęciem ostatecznej decyzji. Ta jednak nie zapadła. Arcybiskup Vlk ze swej strony zaprotestował przeciwko « dyskrominacji Kościoła katolickiego w procesie restytucji » (3.02.1994).
Dodajmy jednak, że według sondaży z 1993 roku jedynie 20% społeczeństwa wypowiadało się za zwrotem własności Kościołowi katolickiemu. W rok później przeciwko dalszym restytucjom kościelnym było 70% ankietowanych, przeciwko zwrocie mienia szlachcie 85% i oddaniu własności emigrantom mieszkającym zagranicą 82%. Paradoksalnie jedynie ta ostatnia grupa uzyskała prawo do zwrotu mienia, gdy Sąd Konstytucyjny, na wniosek Marka Bendy i 55 innych posłów prawicy, zniósł ograniczenia restytucyjne związane z miejscem zamieszkania jako niezgodne z zasadą równości wobec prawa i zakazem dyskryminacji (12.07.1994). Emigranci mogli składać wnioski o zwrot własności od 1 listopada.
Według projektu ustawy Kasala i Karasa (KDU-CzSL) z listopada 1994 roku miano by także zwrócić własność (tylko nieruchomości) wszystkim stowarzyszeniom, które po Listopadzie odnowiły działalność. W grę wchodziło 3 tys. objektów należnych do 2 tys. związków spośród 40 tys. działających przed wojną. Jedynie ODA wyraziła ogólne poparcie dla tego projektu.
Roszczenia Kościoła pozostały do końca niezaspokojone. W październiku, przed wyborami samorządowymi, Lux deklarował: « w żadnym wypadku nie zgodzimy się z prywatyzacją majątku kościelnego. Jeśli nie zostanie on restytuowany, musi pozostać własnością państwa ». W przeciwnym wypadku ludowcy grozili wystąpieniem z koalicji.
Komisja koalicyjna nie doszła do żadnego kompromisu. Różnice stanowisk dotyczyły sposób postępowania z niewydanym majątkiem, kwestii kto powinien wydać własność, jak traktować majątek służący obecnie celom pożytecznym i jak obciążać zobowiązaniami zwrócone objekty.
Koalicja wybrała metodę przeczekania; najpier do zakończenia wyborów samorządowych, potem do uchwalenia budżetu i wreszcie do wyborów parlamentarnych. Najbliższy współpracownik Klausa, Józef Zieleniec, otwarcie przyznał, że kwestię restytucji należy przesunąć aż na okres po roku 1996 (listopad 1994).
W styczniu 1995 roku Klaus wypowiedział się przeciwko «fundamentalistycznemu zwrotowi», a za naprawą krzywd Kościołowi katolickiemu, do końca kadencji nie doszło jednak do zawarcia żadnego kompromisu. Kiedy zaś sąd praski w sporze z urzędem prezydenckim o Katedrę Św. Vita przyznał ją Kościołowi, tysiące Czechów podpisało petycję protestacyjną a kancelaria prezydenta zapowiedziała wniesienie apelacji.
Po zwycięstwie wyborczym w czerwcu 1996 roku prawicowa koalicja obiecała zwrócić Kościołowi katolickiemu 175 tys. hektarów lasów, z których dochód wynosi około 50 mln koron rocznie. Jednocześnie jednak ODS zaznaczyła, iż rozważa pozbawienie Kościoła rocznej dotacji w wysokości przekrazającej 300 mln koron (ponad 12 mln dolarów). Spór o to czy Kościół ma dysponować własną bazą ekonomiczną będzie więc trwał nadal.