Już w okresie kryzysu w sierpniu 1991 roku doszło do negocjacji między Radą Najwyższą i Kongresem Estonii na temat utworzenia wspólnego organu, którego zadaniem byłoby przygotowanie nowej konstytucji, przy czym pierwsze wybory parlamentalne w 1992 roku odbywały się już w ramach nowej konstytucji. Zgromadzenie Konstytucyjne złożone z przedstawicieli obu instytucji (skład pojedynczych sił politycznych był następujący: 20 członków Frontu Ludowego, 20 członków Estońskiej Narodowej Partii Niepodległości (ERSP), 13 przedstawicieli umiarkowanych i reformatorskich komunistów i 7 przedstawicieli ludności rosyjskiej) przygotowało w ciągu jesieni propozycję nowej konstytucji, której oficjalną wersję Zgromadzenie Konstytucyjne uchwaliło 14 lutego 1992 roku. Niektóre nierozstrzygnięte albo kontrowersyjne kwestie zostały rozstrzygnięte dopiero w kwietniu 1992 roku poprzez uchwalenie specjalnej ustawy o zastosowaniu konstytucji. Do takich kwestii należy np. pozycja prezydenta w całym systemie, tj. sprawa, która się okazała kłopotliwą już w okresie międzywojennym - dyskusja nie toczyła się jednak na temat samego powstania funkcji, raczej chodziło o formę jej legitymizacji, bowiem opinia publiczna skłaniała się raczej do bezpośrednich wyborów prezydenckich. Problem ten został w końcu rozstrzygnięty w ten sposób, że pierwszy prezydent Estonii będzie wybrany najpierw w wyborach bezpośrednich i tylko w przypadku gdyby nie otrzymał większości głosów odbyłaby się druga runda, w której prezydent byłby wybierany przez parlament - Riigikogu.
Na początku kwietnia Najwyższa Rada uchwaliła nową ustawę o wyborach do Riigikogu, która wychodziła z zasady, że prawo wyborcze mają tylko obywatele Republiki Estońskiej. Kontrowersyjność takiego postępowania trzeba oceniać w związku z przywróceniem prawa o obywatelstwie z 1938 roku. Oznaczało ono, że obywatelstwo estońskie będzie automatycznie nadane tylko osobom, które miały obywatelstwo estońskie dnia 16 czerwca 1940 roku i ich potomkom. Wszystkie inne kategorie mieszkańców musiały ubiegać się o naturalizację, której warunkiem było trwale zamieszkanie przynajmniej dwa lata przed złożeniem podania i jeden rok po nim. Jednocześnie jednak uważano za wyjściową datę 30 marca 1990 roku, co znaczyło, że duża część przede wszystkim mieszkańców narodowości rosyjskiej nie mogła uczestniczyć w pierwszych wyborach parlamentalnych. Ustawa wyborcza została przed pierwszymi wyborami nowelizowana w drugiej połowie czerwca, gdy prawo wyborowe dostali też estońscy emigranci trwale zamieszkali zagranicą.
Na 28 czerwca 1992 roku zostało wyznaczone referendum, którego celem było uchwalenie nowego systemu, tj. konstytucji i ustawy o jej aplikacji (częścią referendum stanowiło też pytanie, czy prawo wyborcze powinni otrzymać też mieszkańcy bez obywatelstwa, którzy na stałe zamieszkują na terenie Estonii). W referendum wzięło udział blisko 67% obywateli. Nowa ustawa wyborcza została przyjęta większością 91%, natomiast 53% głosów oddano przeciwko nadania prawa wyborczego "nieobywatelom". Na mocy referendum nowa Konstytucja weszła w życie 3 lipca 1992, co stanowiło podstawę do ogłoszenia wyborów prezydenckich i parlamentarnych na 20 września 1992 roku. Wybory, w których wzięło udział 17 podmiotów politycznych (w tym partie polityczne i ich koalicje, których działanie było charakterystyczne dla całego systemu partijno - politycznego aż do wyborów w marcu 1999 roku), skończyły się zdecydowaną przegraną Frontu Ludowego, który zdobył w 101 osobowym Riigikogu tylko 15 mandatów.
Tego samego dnia odbyły się również bezpośrednie wybory prezydenckie, w których mógł wziąć udział tylko kandydat, jaki uzyskał podpisy 10 000 wyborców - i to udało się tylko czterem nominowanym kandydatom: dotychczasowemu ministrowi spraw zagranicznych, Lenartowi Meri (mianowany przez koalicję Isamaa - Ojczyzna), byłemu prezesowi Rady Najwyższej Arnoldowi Rüütelowi (mianowany przez koalicję postkomunistyczną Bezpieczny Dom), politologowi z emigracji Reinowi Taagepera (mianowany przez Front Ludowy) i byłej dysydentce Lagle Parek (mianowana przez ERSP). Jednak żaden z tych kandydatów nie otrzymał w pierwszej rundzie absulutnej większości głosów (Rüütel - 41,8%, Meri - 29,5%, Taagepera - 23,4% i Parek - 4,2%) i dlatego, tak jak przewidziała ustawa o aplikacji konstytucji, odbyła się druga runda już w nowo wybranym parlamencie. Dzięki zwycięstwu koalicji wyborczej Ojczyzna został w końcu wybrany 5 października jej kandydat Lennart Meri, który na podstawie § 89 Konstytucji mianował premierem rządu przedstawiciela najsilniejszego bloku parlamentalnego Ojczyzny, Marta Laara, któremu się udało w ciągu 14 dni utworzyć cetroprawicową koalicji złożoną z Ojczyzny (Isamaa), Umiarkowanymi (Möödukad) i ERSPu.
Czas trwania tej koalicji rządowej, która się utrzymała od października 1992 roku do września 1994 roku, jest uważany za zasadniczy z punktu widzenia kształtowania się dalszego rozwoju Estonii od połowy lat 90-tych: koalicja rządowa rozpoczęła radykalną reformę ekonomiczną , która polegała na pełnej liberalizacji - doszło do zniesienia sztywnych cen, ograniczania cła na import, szczególnie z państw skandynawskich itd. Współczesne analizy jednak różnią się w ocenach tego okresu: z jednej strony stworzono mit "cudu ekonomicznego", z którego Estonia żyje przede wszystkim w drugiej połowie lat 90-tych, a z drugiej mówi się o "terapii szokowej", której wynikiem było zwiększenie socjalnej polaryzacji, dyferencjacji regionalnej itd.
Z punktu widzenia kształtowania się estońskiej polityki zagranicznej doszło w tym okresie do wytworzenia pierwszej bardziej spójnej koncepcji zmierzającej do odnowienia międzywojennych kontaktów z Wielką Brytanią i Skandynawią i do dążenia do integracji kraju ze strukturami europejskimi i ekonomicznymi. Założeniem owych procesów było jednak całkowite usunięcie armii rosyjskiej z terenów Estonii, do czego doszło pod koniec sierpnia 1994 roku. Zdarzeniem, jakie przyspieszyło ten proces było przyjęcie Estonii do Rady Europy w 1993 roku. W tym okresie doszło również do uintensywnienia rozmów o możliwej partycypacji Estonii w procesie integracji europejskiej, przez co zostały poszerzone ramy umów o handlu i kooperacji z maja 1992 roku. Rezultatem tych posiedzeń było podpisanie Uchwały o swobodzie handlu z 1994 roku, która zakładała możliwość przyszłego pełnego członkostwa Estonii w Unii Europejskiej. Uchwała weszła w życie na początku 1995 roku, w porównaniu z innymi krajami ubiegającymi się o członkostwo jednak nie ustanowiono żadnego okresu przejściowego, dzięki czemu Estonia bardzo zbliżyła się do potencjalnej pełnej integracji i w ten sposób oddaliła się od dwu pozostałych państw bałtyckich.
Aczkolwiek rząd Laara był rządem, jaki się w estońskim środowisku utrzymał się najdłużej, nie przeżył całej kadencji i pod koniec września 1994 roku 60 posłów Riikogu nie udzieliło mu votum zaufania. Kryzys rządu, który trwał prawie dwa mieszące, wiódł do podtrzymania dotychczasowej koalicji przez opozycję - większość wolała uniknąć przedterminowych wyborów parlamentarnych. Dlatego 4 listopada 1994 roku utworzono nowy rząd Andresa Taranda, który utrzymał się do wyborów w marcu 1995 roku.
W tych wyborach, które dalej pozostawały pod znakiem działania koalicji wyborowych, zwyciężyła koalicja wyborcza Partii Koalicyjnej i Unia Wiejskiej (Konderakond Maarahva Uhendus), która uzyskała 32% głosów wyborców, co wystarczyło na 41 mandatów w Riigikogu. Na podstawie tych wyników prezydent Meri powierzył utworzenie rządu prezesowi najsilniejszego ugupowania Tiitowi Vähiemu, który najpierw próbował dojść do porozumienia z drugą najsilniejszą Estońską Partią Reform (Reformierakond), nie był jednak w stanie utworzyć z nią koalicji rządowej z powodu postawy Unii Wiejskiej. Dlatego w końcu doszło w kwietniu 1995 roku do ukształtowania się koalicji z Partią Centrum (Keskerakond) Edgara Savisaara, z powodu działalności którego doszło jednak do sporów i rozpadu koalicji (afera SIA). Stworzenie nowego rządu znów powierzono Vähiemu, który bez zwlekania zawarł umowę o koalicji rządowej z Partią Reform, której parlament uchwalił votum zaufania 6 listopada 1995 roku.
Pierwsza kadencja prezydenta Meriego skończyła się w lecie 1996 roku. Gdy odbywały się drugie wybory prezydenckie zgodnie z § 79 Konstytucji: rozdrobienie i atomizacja spektrum politycznego się ujawniły już przy samych nominacjach (do nominacji na kandydata potrzebna była 1/5 wszystkich członków Riigikogu). W końcu więc doszło do nominacji dwóch kandydatów, rywali z wyborów w 1992, mianowicie Lennarta Meriego i Arnolda Rüütela, jednak żaden z nich nie otrzymał podczas trzech rund 2/3 większość, której wymagano, w wyniku czego trzeba było już w pierwszych wyborach zastosować szczegółowe postanowienia Konstytucji, mianowicie doszło do zebrania się Zgromadzenia Wyborczego, utworzonego ze 101 członków Riikogu i 273 przedstawicieli organów samorządowych. W wyborach przed tym organem wzięli udział jeszcze kolejni trzy kandydaci - Tunne Kelam (Isamma), Siiri Oviir (Keskerakond) i niezależny Enn Tougu. Dotychczasowy prezydent Meri wygrał dopiero w drugiej rundzie, gdy otrzymał 196 głosów przeciwko 126 głosom oddanym na Rüütela.
Ostatnie wybory parlamentalne, które odbyły się w marcu 1999 roku, przebiegały pod znakiem zjednoczenia atomizowanego i podzielonego układu, co zostało potwierdzone między innym również przez dwie nowele do ustawy wyborczej przyjęte jesienią 1998 roku. Te zmiany prowadziły do zakazania zawierania koalicji wyborczych, do ograniczenia liczby podmiotów biorących udział w wyborach parlamentarnych, i w ten sposób udało się też uczynić całą wewnątrzpolityczną sytuację bardziej przejrzystą. Krok ów umożliwił wytworzenie względnie stabilnej centroprawicowej koalicji Związku Ojczyźnianego (Isamaaliit), Umiarkowanych (Möödukad) i Partii Reform (Reformierakond), jaka w Riigikogu dysponuje wększością 53 mandatów, i to nawet mimo tego, że wybory zakończyły się zwyciężstwem Partii Centrum (Keskerakond) Savisaara. Od tej koalicji generalnie oczekuje się nowych impulsów dla kontynuacji radykalnych reform, które rozpoczęto za czasów koalicji z lat 1992 - 1994, szczególnie dokończenia procesu zbliżania się Estonii do europejskich struktur ponadnarodowych.
TABLICA no. 2 (będzie)
Cały proces konstytuowania się albo odnowy pluralistycznego układu politycznego uwidocznił jednak pewne "słabe miejsca" demokracji estońskiej. Aczkolwiek doświadczenia z okresu pierwszej republiki estońskiej umożliwiły łatwiejsze kształtowanie nowego układu, nie uniknęła Estonia podobnych problemów, z jakimi walczyła w latach 20-ych i 30-tych. Zatomizowana i podzielona scena partyjnopolityczna i dotychczas nieukształtowana kultura polityczna powodują (nawet mimo wielu zabezpieczeń konstytucyjnych) niestabilność rządu, którą próbuje zmniejszyć prezydent republiki dzięki swojej silnej pozycji, co jest generalnie odbierane jako wychodzenie poza ramy Konstytucji. Owa niestabilność albo raczej obawy o jeszcze większą niestabilność, która mogłaby zagrozić układowi politycznemu w ogóle, jednocześnie koresponduje z pewnym ograniczeniem praw mniejszości rosyjskiej (obojętne czy chodzi o koncepcję nadawania obywatelstwa, która została zasadniczo zmieniona w 1995 roku, lub kontrowersyjność ustawy o obcokrajowcach, która wywołała nową falę napięć między Estonią i Federacją Rosyjską w 1993 roku). Z tym również łączy się kwestia braku zaufania mieszkańców do całego układu politycznego, co znajduje swoje odzwierciedlenie w niskiej frekwencji wyborczej: jeżeli w wyborach w 1995 roku uczestniczyło 69,2% wyborców, to w 1999 roku tylko 55,8%. Integracja prawicowej części spektrum politycznego może prowadzić z jednej strony do coraz większej stabilności całego układu politycznego, a z drugiej do polaryzacji jego struktury politycznej.