22 lutego 1998 roku delegacja Ekumenicznej Cerkwi Prawosławnej (konstantynopolitańskiej) ogłosiła w Tallinie decyzję patriarchy Bartolomeusza o ponownym przyjęciu Estońskiej Apostolskiej Cerkwi Prawosławnej pod jurysdykcję Konstantynopola. Oznacza to przywrócenie związku kanonicznego między obu Kościołami na zasadzie autonomii dla Cerkwi estońskiej i odrzucenie roszczeń Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej do reprezentowania wszystkich prawosławnych mieszkańców Estonii. Nic więc dziwnego, iż Patriarcha Moskwy i Wszech-Rosji, Aleksiej II zerwał stosunki z Fińską Cerkwią Prawosławną, która w rozmowach między Tallinem i Konstantynopolem odgrywała rolę pośrednika oraz zapowiedział, iż postąpi tak samo wobec Patriarchatu Ekumenicznego. 16 marca w Tallinie w manifestacyjnej procesji przeciwko decyzji Konstantynopola wzięło udział około 10 tysięcy rosyjskich prawosławnych. Prawosławni Estończycy wywodzą się z dwu grup: estońskiej ludności południowo-wschodniego okręgu Petserimaa, należącego w średniowieczu do Pskowa, skąd przyszło chrześcijaństwo w obrządku wschodnim już w XI wieku oraz spośród chłopów pańszczyźnianych, którzy w XIX wieku przeszli na prawosławie, sądząc iż otrzymają od cara ziemię. Ponadto w XVII wieku na terenie wówczas szwedzkiej Estonii schronienie znależli rosyjscy starowierzy, a po 1920 roku rosyjska biała emigracja. Przed wojną większość spośród 212 tysięcy prawosławnych, stanowiących wówczas 19% ludności, była narodowości estońskiej. Prawosławie wyznawało wielu wybitnych Estończyków, między innymi jeden z założycieli państwa i ostatni prezydent Estonii Konstantin Päts, a jego brat należał do hierarchów Cerkwi. Za caratu prawosławni zamieszkali na terenie gubernii estońskich podlegali arcybiskupstwu w Rydze. Gdy rozpoczęła się wojna o niepodległość Estonii, prawosławni Estończcy podjęli starania o uzyskanie dla swojego Kościoła autonomii, która jest nieco węższa od autokefalii, tj. pełnej niezależności jaką cieszy się np. Cerkiew Rosyjska. Pierwszy biskup Platon został jednak zamordowany przez bolszewików na początku 1919 roku w Tartu. W dniach 18-22 marca 1919 roku zebrali się przedstawiciele wszystkich parafii i podjęli decyzję o oderwaniu się od Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Patriarcha Wschech-Rosji Tichon, sam zagrożony przez bolszewików, nie miał możliwości przeciwdziałania i zgodził się najpierw na autonomię, a wkrótce, 28 lipca 1920 roku, na pełną niezależność Cerkwi Estońskiej. 7 lipca 1923 patriarcha konstantynopolitański Meletij wydał tomos, nadając Estońskiej Apostolskiej Cerkwi Prawosławnej autonomię i przyjmując ją pod jurysdykcję Patriarchatu Ekumenicznego. Proces usamodzielniania się Cerkwi dobiegł końca w 1935 roku, kiedy uzyskała ona własny status. Po zajęciu Estonii przez Armię Czerwoną, w 1941 roku i w 1944 roku, Cerkiew Apostolską zlikwidowano, przekształcając ją w tallińskie arcybiskupstwo Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Nie czekając na taki rozwój wydarzeń Metropolita arcybiskup Aleksander, wraz z 22 duchownymi i 8 tys. wiernych, udał się na wygnanie do Szwecji. Po jego śmierci w Sztokholmie w 1953 roku nowego metropolity już nie wybrano, ale Synod nadal działał w stolicy Szwecji zapewniając prawną kontynuację Cerkwi estońskiej. Tymczasem w kraju spośród pozostałych 163 duchownych, 45 zginęło w łagrach lub zostało zamordowanych. Przy życiu nie pozostał też żaden z trzech biskupów, a liczba parafii spadła ze 158 do około 80. Sławny monaster peczorski znalazł się poza Estonią na skutek zmian granicznych przeprowadzonych na korzyść Federacji Rosyjskiej. Co więcej, patriarchat konstantynopolitański postanowił uznać sowiecką politykę faktów dokonanych i w 1978 roku przyjął do wiadomości wchłonięcie Cerkwi estońskiej przez rosyjską na obszarze Estonii. Tym samym ustał związek kanoniczny między Patriarchatem Ekumenicznym a Estońską Apostolską Cerkwią Prawosławną w Estonii, choć teoretycznie istniał nadal na terenie Szwecji.
Po odzyskaniu niepodległości w 1991 roku prawosławni Estończcy rozpoczęli starania o przywrócenie w kraju Estońskiej Apostolskiej Cerkwi Prawosławnej, a jednocześnie arcybiskup talliński Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej, Kornelius, cieszący się pełnym poparciem patriarchy Aleksieja, władz rosyjskich oraz partii rosyjskiej mniejszości w Estonii, uzurpował sobie prawo do wyłącznego reprezentowania wszystkich prawosławnych. Rozpoczął się więc wyścig z czasem kto pierwszy zarejestruje Estońską Apostolską Cerkiew Prawosławną w Estonii jako kontynuatorkę Cerkwi przedwojennej i przejmie jej majątek: prawdziwi spadkobiercy czy przedstawiciele Patriarchatu Moskiewskiego. Kwestia ta miała bardzo wyraźny aspekt bezpieczeństwa państwa. Na majątek przedwojennej Cerkwi estońskiej składa się 3500 ha ziemi oraz 156 obiektów, w tym na przykład sobór stojący na przeciwko parlamentu i siedziby rządu. Gdyby budynki te dostały się w ręce ludzi Korneliusa, rosyjskie tajne służby dysponowałyby na terenie całego kraju w praktyce siecią eksterytorialnych placówek. Przypomnijmy bowiem, iż według diakona Andreja Kurajewa co najmniej połowa duchownych RCP pracowała dla KGB, a sam patriarcha Aleksiej należał do wyjątkowo gorliwych agentów. Estoński dziennik Postimees >> opublikował właśnie raport odnaleziony w archiwach Komunistycznej Partii Estonii. Został on napisany przed 30 laty i relacjonuje on działalność zwerbowanego w 1958 roku agenta o pseudonimie Drozdow >>, urodzonego w 1929 roku, który ma szansę zostać wkrótce biskupem Tallina, a więc całej Estonii. W rzeczywistości Aleksiej również urodził się w 1929 roku, w 1961 roku został biskupem Tallina i służył w tych samych miejscowościach, gdzie Drozdow >> wykrywał krymialną działalność >> w Cerkwi. Wydział stosunków wewnątrzcerkiewnych RCP, w którym pracowało 47 hierarchów, był po prostu filią KGB, jak przyznał ojciec Grigorij Edelstein w redakcji gazety Stolica >> w 1992 roku. Do agentów KGB należeli bowiem wszyscy pracownicy tego wydziału od woźnego począwszy a na jego przewodniczącym skończywszy. Nie można więc odmówić racji Hennowi Tosso, gdy stwierdza, iż pod sutanną rosyjscy popi noszą mundury oficerów KGB. 27 czerwca 1991 roku, na dwa miesiące przed odzyskaniem niepodległości, arcybiskup Kornelius zarejestrował arcybiskupstwo tallińskie jako Cerkiew Prawosławną w Estonii Patriarchatu Moskiewskiego. Tego samego dnia pop Emmanuel Kirss, diakon Aivar Sarapik i reprezentant laikatu, a wkrótce drugi sekretarz Synodu, Henn Tosso opublikowali list, w którym zaproponowali restaurację w kraju Estońskiej Apostolskiej Cerkwi Prawosławnej. 26 kwietniu 1993 roku patriarcha Aleksiej wydał tomos, udzielając Cerkwi Prawosławnej w Estonii Korneliusa autonomię. Był to krok niezbędny by RCP w Estonii mogła pokusić się o przywdzianie szat Estońskiej Apostolskiej Cerkwi Prawosławnej. I rzeczywiście, już 5 listopada Kornelius zgłosił swą Cerkiew do rejestracji pod imieniem i ze statusem z 1935 roku Cerkwi Apostolskiej. Prawosławnym Estończykom, cieszącym się poparciem prezydenta Meriego i pozostającej wówczas u władzy prawicowej koalicji premiera Laara, udało się jednak uprzedzić akcję Korneliusa. 9 maja Kirss, Srapik i Tosso wysłali list do Korneliusa zawiadamiając go, iż dążą do restauracji EACP w kraju. Mimo groźby obłożenia anatemą niepokornych i postawy wyczekującej większości kleru, 11 sierpnia 1993 roku 11 duchownych zarejestrowało w ministerstwie spraw wewnętrznych Estońską Apostolską Cerkiew Prawosławną. Dwa dni później członkowie EACP z Estonii i przewodniczący Synodu Nikolaj Suursööt ze Sztokholmu spotkali się w stolicy Szwecji z Patriarchą Ekumenicznym Bartolomeuszem i wręczyli mu list informujący, że Cerkiew Apostolska działa pod jurysdykcją Konstantynopola. Rozpoczęto też rokowania w sprawie przywrócenia więzi kanonicznej między obu Kościołami. Synod postanowił, iż powróci do Estonii po przywróceniu związku kanonicznego z Konstantynopolem i wówczas zostanie też wybrany nowy metropolita przez wszystkich wiernych. Pierwszego września duchowny Valentin Savimi ogłosił przejście parafii Valga do EACP. Na początku 1994 roku akces do odnowionej Cerkwi zgłosiło już 21 parafii. Rejestracja Cerkwi Apostolskiej oznaczała, iż będzie mogła ona wystąpić teraz do państwa o restytucję majątku zabranego przez władze sowieckie. Grupie arcybiskupa Korneliusa władze zaproponowały natomiast przeprowadzenie soboru parafii pozostających w Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej w Estonii i zarejestrowanie się jako RCP, co jednak oznaczałoby, iż nie będzie ona mogła pretendować do przedwojennego majątku Kościoła Prawosławnego, jako że do 1941 roku Rosyjska Cerkiew Prawosławna na terenie Estonii po prostu nie istniała. Konflikt dotyczący prawa do używania nazwy EACP zaostrzył się w 1995 roku. Na wiosnę doszło do manifestacji zwolenników Korneliusa i rosyjskich nacjonalistów, a od 28 maja w każdą niedzielę przeprowadzano kilkuosobowe pikiety protestacyjne w obronie roszczeń RCP. Oficjalnie jako ich organizatorzy występowali Stowarzyszenie Kozaków i Komitet Obrony Cerkwi Prawosławnej, zaś plakaty przygotowywano w ambasadzie rosyjskiej.
Grupa Korneliusa starała się w ten sposób wykorzystać zmienioną sytuację polityczną, gdyż wybory na wiosnę 1995 roku wygrały partie postkomunistyczne, a w parlamencie pojawili się także przedstawiciele partii rosyjskiej mniejszości. Ministrem spraw wewnętrznych został wówczas Edgar Savisaar, najbardziej prorosyjski polityk estoński, który w październiku utracił swe stanowisko po ujawnieniu efery podsłuchowej, w którą był zamieszany. W ciągu pół roku swego urzędowania Savisaar przyjął dwukrotnie Korneliusa, a więc reprezentanta struktury nielegalnej >> jak określił RCP prezydent Meri i wysłał list do Konstantynopola. Savisaar powołał też grupę ekspertów, która miała wypowiedzieć się w duchu korzystnym dla Korneliusa, ale analiza prawna ostatecznie przyznała rację EACP. Jednocześnie toczyły się rokowania między Cerkwią Apostolską i Patriarchatem Ekumenicznym oraz nim i Patriarchatem Moskiewskim w sprawie przywrócenia więzi kanonicznej między EACP i Konstantynopolem.
4 lutego 1995 roku przybyła z wizytą do Tallina delegacja Ekomenicznego Patriarchatu Cerkwi Prawosławnej (Konstantynopolitańskiej). W je skład wchodzili: Meliton metropolita filadelfijski, Joan metropolita pergamoński (Ateny) oraz przedstawiciel Fińskiej Cerkwi Prawosławnej Heikki Huttunen. Konstantynopol przed przywróceniem autonomii poprosił jeszcze o wysłanie dokumentów w sprawie sowieckich prześladowań jakby o niczym nie wiedział, ale zasadnicza decyzja już zapadła. Żywiono jeszcze tylko nadzieję na osiągnięcie jakiegoś kompromisu z Aleksiejem II.
29 maja Ekumeniczny Patriarcha Bartolomeusz wystosował posłanie do wiernych Cerkwi Estońskiej, w którym stwierdził: nie znajdujemy przeszkód o charakterze kanonicznym dla przywrócenia w dziejszej wolnej Estonii, warunków wynikających z patriarchalnego Tomosu z 1923 roku >>, nie uznał zmian z okresu stalinizmi >> tj. włączenia EACP do RCP i wyraził nadzieję, iż dla dobra Prawosławia Aleksiej II poświęci swoje osobiste więzi z Estonią >>, a więc uzna niezależność EACP.
Synod Ekumeniczny w październiku 1995 roku na Krecie miał przywrócić więź kanoniczną, ale nadal liczono się z Moskwą. Dopiero kiedy fiasko rozmów z początku stycznia 1996 roku między przedstawicielami Patriarchatów Moskiewskiego i Konstantynopolitańskiego zamknęło, jak stwierdził Meliton, dwuletni okres jałowych dyskusji, Patriarcha Bartolomeusz podjął wreszcie decyzję o przywróceniu więzi kanonicznej z EACP. Estońska Apostolska Cerkiew Prawosławna ma obecnie 30 tys. wiernych, z czego połowę stanowią Rosjanie, oraz około 51 spośród 84 aktualnie działających parafii prawosławnych. Największym problemem EACP jest brak duchownych, nawet znających język rosyjski dla prawosławnych Rosjan, którzy pozostają wierni Cerkwi Apostolskiej. Dlatego obsadzonych jest jedynie 11 parafii. Grupa Korneliusa może liczyć na poparcie około 30 tys. wiernych narodowości rosyjskiej i partie polityczne reprezentujące mniejszość rosyjską w estońskim parlamencie. Zaraz po wiosennych wyborach w 1995 roku rosyjski klub parlamentarny udał się bez zezwolenia władz estońskich do Moskwy, gdzie na spotkaniu z Aleksiejem II obiecał popierać roszczenia Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Doradcą arcybiskupa Korneliusa i współpracownikiem rosyjskiego klubu parlamentarnego został Władimir Iliasewicz alias Olev Miil alias W. Iwlew. Iliasewicz pracował w Agencji Prasowej Nowosti >>. W latach 1988 - 1989 w mundurze oficera KGB przesłuchiwał dziennikarzy estońskich, następnie zaś został wysłany na kwarantannę do Finalandii, skąd pisał korespondencje jako Olev Miil. Po powrocie do Estonii jako V. Ivlev rozpoczął współpracę z Mołodiożą Estonii >>, dzienniku gdzie skoncentrowali się weterani KGB. W terenie cerkwie kontrolowane są przez duchownych lub wiernych z obozu EACP lub RCP. W miejscowości Värska leżącej na południowym wschodzie nad granicą rosyjską, pop należał do obozu Korneliusa, natomiast wierni opowiadali się za Synodem i prosili o interwencję Konstantynopol. W Valga nad granicą łotewską po śmierci proboszcza, zwolennicy Korneliusa zawłaszczyli klucz od cerkwi, na proźbę estońskich prawosławnych policja odzyskała jednak klucz, gdyż parafia należała do zwolenników Synodu. Wpływ sukcesu EACP da się niewątpliwie odczuć w pozostałych dwu Państwach Bałtyckich. Teraz podjęte zostaną starania o utworzenie niezależnej od Moskwy Cerkwi Prawosławnej wśród rosyjskiej mniejszości na Litwie. Przywrócenie więzi kanonicznej między EACP i Patriarchatem Ekumenicznym oznacza wzmocnienie prawosławia niezależnego od Moskwy i awans Konstantynopola do roli trzeciego czynnika między Watykanem a Patriarchatem Moskiewskim na całym terenie Europy Środkowej i Wschodniej.